Mimo że wiele regionów górskich i niektóre z nizin pozostają mocno zalesione, lasy w kraju kurczą się gwałtownie od dziesięcioleci. Między połową XX wieku a początkiem XXI wieku, powierzchnia leśna kraju została zmniejszona o ponad połowę – głównie w wyniku wyrębu, górnictwa i działalności rolniczej – i obecnie stanowi mniej niż jedną czwartą całkowitej powierzchni kraju. Tam, gdzie na północnym Luzonie pozostały lasy, głównym drzewem górskim jest sosna. Na innych obszarach często dominuje lauan (mahoń filipiński).
John Lewis Stage/Photo Researchers
Większość roślinności Filipin jest rodzima i w dużym stopniu przypomina roślinność Malezji; rośliny i drzewa obszarów przybrzeżnych, w tym bagien namorzynowych, są praktycznie identyczne z roślinami i drzewami podobnych regionów w całym Archipelagu Malajskim. Elementy himalajskie występują w górach północnego Luzon, podczas gdy kilka typów australijskich znajdują się na różnych wysokościach. Wyspy są domem dla tysięcy gatunków roślin kwitnących i paproci, w tym setek gatunków orchidei, z których niektóre są niezwykle rzadkie. Wysokie, grube trawy, takie jak kogon (rodzaj Imperata), pojawiły się w wielu miejscach, gdzie lasy zostały wypalone.
Filipiny zamieszkuje ponad 200 gatunków ssaków, między innymi bawół wodny (carabao), kozy, konie, wieprze, koty, psy, małpy, wiewiórki, lemury, myszy, pangoliny (mrówkojady łuskowate), chevrotains (jelenie myszowate), mangusty, cywety oraz jelenie rude i brązowe. Tamarau (Anoa mindorensis), gatunek małego bawoła wodnego, występuje tylko na Mindoro. Spośród ponad 50 gatunków nietoperzy, wiele jest specyficznych dla Filipin. Skamieniałe szczątki pokazują, że na wyspach żyły kiedyś słonie.
© yobidaba/Fotolia
Setki gatunków ptaków żyją na Filipinach przez cały rok lub przez jego część. Prominent birdlife includes jungle fowl, pigeons, peacocks, pheasants, doves, parrotts, hornbills, kingfishers, sunbirds, tailorbirds, weaverbirds, herons, and quails. Wiele gatunków jest endemicznych dla wyspy Palawan. Zagrożony orzeł filipiński (Pithecophaga jefferyi) jest ograniczony głównie do izolowanych obszarów na Mindanao i w Sierra Madre na Luzon.
Morza otaczające wyspy i śródlądowe jeziora, rzeki, estuaria i stawy są zamieszkane przez nie mniej niż 2000 odmian ryb. Rafy Tubbataha na Morzu Sulu zostały wpisane na Listę Światowego Dziedzictwa UNESCO w 1993 roku w uznaniu ich obfitości i różnorodności życia morskiego; w 2009 roku granice Listy Światowego Dziedzictwa zostały rozszerzone do potrójnej wielkości. Ryby mleczne, popularne ryby spożywcze i narodowa ryba Filipin, są obfite w wodach słonawych i morskich. Koniki morskie są powszechne w rafach Wysp Visayan.
Liczne gatunki żółwi morskich, w tym żółw skórzasty, są chronione, podobnie jak krokodyl filipiński i krokodyl słonowodny. Wyspy są domem dla zróżnicowanej gromady gadów i płazów. Jaszczurki wodne (Varanus salvator) różnego rodzaju były cenione za swoje skóry. Skinki, gekony i węże występują licznie, a ponad 100 gatunków jest endemicznych dla Filipin. Kraj ten jest również gospodarzem wielu rodzajów żab, w tym kilku latających odmian; większość z nich jest endemiczna dla wysp.