Haley, der in Ithaca, New York, geboren und in der Kleinstadt Henning, Tennessee, aufgewachsen ist, begann sich für seine Vorfahren zu interessieren, als er den bunten Geschichten seiner Familie lauschte. Besonders eine Geschichte über einen afrikanischen Vorfahren, der sich weigerte, bei seinem Sklavennamen „Toby“ genannt zu werden und stattdessen erklärte, sein Name sei „Kintay“, beeindruckte Haley zutiefst. Dieser Bericht faszinierte den jungen Haley so sehr, dass er später zwölf Jahre damit verbrachte, das Leben von „Kunta Kinte“, der Figur in seinen berühmten Roots, zu erforschen und zu dokumentieren. Aus den Schulunterlagen geht hervor, dass Haley kein außergewöhnlicher Schüler war. Mit achtzehn Jahren trat er in die U.S. Coast Guard ein und begann eine zwanzigjährige Karriere im Dienst. Er übte sich im Schreiben, zunächst nur, um die Langeweile auf dem Schiff zu vertreiben, und fand sich bald dabei, Liebesbriefe für seine Schiffskameraden zu verfassen, die sie an ihre Frauen und Freundinnen nach Hause schickten. Er schrieb auch ernsthafte Stücke und reichte sie bei verschiedenen Magazinen ein.
Nach seinem Ausscheiden aus der Küstenwache beschloss Haley, hauptberuflich Schriftsteller und Journalist zu werden. Sein erstes Buch, The Autobiography of Malcolm X (1965), das er gemeinsam mit Malcolm X verfasste, wurde bei seiner Veröffentlichung hoch gelobt. Das Werk verkaufte sich über fünf Millionen Mal und begründete Haleys Schriftstellerkarriere. Malcolm X zögerte anfangs, mit Haley zusammenzuarbeiten. Später sagte er dem Schriftsteller: „Ich vertraue niemandem vollständig … dir vertraue ich zu etwa fünfundzwanzig Prozent.“ Kritiker lobten Haley für den sensiblen Umgang mit Malcolm X‘ brisantem Leben, und das Buch wurde schnell zur Pflichtlektüre in vielen Schulen. Zwei Wochen nach der Fertigstellung von The Autobiography of Malcolm X begann Haley mit der Arbeit an seinem nächsten Projekt, Roots. Die Erzählung schildert das Leben von Kunta Kinte, einem stolzen Afrikaner, der aus seinem Dorf in Westafrika entführt und gezwungen wird, die mittlere Passage – den brutalen Transport von Afrikanern zum Verkauf nach Amerika – auf dem Sklavenschiff Lord Ligonier zu überstehen und auf der Waller-Plantage in den Vereinigten Staaten zum Sklaven gemacht zu werden. Um Kuntas Leben und das von Kuntas Enkel, Chicken George, zu authentifizieren, besuchte Haley Archive, Bibliotheken und Forschungseinrichtungen auf drei Kontinenten. Er hat sogar Kuntas Erlebnisse auf der Lord Ligonier nachgespielt. „Irgendwie hat er etwas Geld zusammengespart und ist nach Liberia geflogen, wo er eine Passage auf dem ersten Schiff in die USA buchte“, erzählte ein Ebony-Interviewer. „Auf See verbrachte er die Nacht auf einem Brett im Laderaum des Schiffes, bis auf die Unterwäsche entkleidet, um eine ungefähre Vorstellung davon zu bekommen, was sein afrikanischer Vorfahre erlebt haben könnte.“
Obwohl die Kritiker Roots allgemein lobten, schienen sie sich nicht sicher zu sein, ob sie das Werk als Roman oder als historischen Bericht behandeln sollten. Während die Erzählung auf tatsächlichen Ereignissen beruht, sind die Dialoge, Gedanken und Emotionen der Figuren fiktionalisiert. Haley selbst beschrieb das Buch als „Faction“, eine Mischung aus Fakt und Fiktion. Die meisten Kritiker stimmten dem zu und bewerteten Roots als eine Mischung aus Geschichte und Unterhaltung. Trotz der fiktiven Charakterisierungen schlug Willie Lee Rose in der New York Review of Books vor, dass Kunta Kintes Eltern Omoro und Binte „möglicherweise die afrikanischen Proto-Eltern von Millionen von Amerikanern werden könnten, die ihre Würde und Anmut bewundern werden.“ Newsweek applaudierte Haleys Entscheidung für die Fiktionalisierung: „Anstatt eine wissenschaftliche Monographie von geringer sozialer Wirkung zu schreiben, hat Haley einen Blockbuster im besten Sinne geschrieben – ein Buch, das kühn im Konzept und leidenschaftlich in der Ausführung ist, eines, das Millionen von Menschen erreichen und die Art und Weise, wie wir uns selbst sehen, verändern wird.“
Einige äußerten jedoch die Befürchtung – vor allem zur Zeit der Fernsehserie -, dass die rassischen Spannungen in Amerika durch Roots verschärft werden könnten. Time berichtete zwar von mehreren Vorfällen rassistischer Gewalt nach der Ausstrahlung, kommentierte aber, dass „die meisten Beobachter der Meinung waren, dass Roots langfristig die Rassenbeziehungen verbessern würde, vor allem wegen der tiefgreifenden Wirkung der Fernsehversion auf Weiße. … Es schien sich ein breiter Konsens herauszubilden, dass Roots die schwarze Identität und damit den schwarzen Stolz fördern und schließlich wichtige Dividenden ausschütten würde.“ Einige schwarze Führer betrachteten Roots „als das wichtigste Bürgerrechtsereignis seit dem Marsch auf Selma 1965“, so die Time. Vernon Jordan, Exekutivdirektor der National Urban League, nannte es „die spektakulärste pädagogische Erfahrung in den Rassenbeziehungen in Amerika.“ In Bezug auf die Anziehungskraft von Roots unter Schwarzen fügte Haley hinzu: „Die Schwarzen, die die Bücher kaufen, kaufen sie nicht, um hinauszugehen und jemanden zu bekämpfen, sondern weil sie wissen wollen, wer sie sind. … das Buch hat einen starken, unterschwelligen Akkord berührt.“
Monatelang nach der Veröffentlichung von Roots im Oktober 1976 signierte Haley täglich mindestens fünfhundert Exemplare des Buches, sprach mit durchschnittlich sechstausend Menschen am Tag und reiste mindestens einmal pro Woche von Küste zu Küste. Knapp zwei Jahre später hatte Roots bereits 271 Preise gewonnen, und die Fernsehadaption war für rekordverdächtige 37 Emmys nominiert worden. Über acht Millionen Exemplare des Buches wurden gedruckt, und der Text wurde in sechsundzwanzig Sprachen übersetzt. Neben Ruhm und Reichtum brachte Roots Haley auch Kontroversen ein. Im Jahr 1977 behaupteten zwei veröffentlichte Autoren, Margaret Walker und Harold Courlander, unabhängig voneinander, dass Haley ihre Arbeiten in Roots plagiiert habe. Die Anklagen von Walker wurden später fallen gelassen, aber Haley gab zu, dass er unwissentlich drei Absätze aus Courlanders The African (1968) entnommen hatte. Es kam zu einem Vergleich, bei dem Haley Courlander 500.000 Dollar zahlte. Im selben Jahr kamen auch andere Anschuldigungen auf. Mark Ottaway stellte in der Sunday Times Haleys Recherchemethoden und die Glaubwürdigkeit seiner Informanten in Frage und beschuldigte Haley, Daten so zu „verbiegen“, dass sie seinen Zielen entsprachen. Auch Gary B. und Elizabeth Shown Mills stellten einige von Haleys Behauptungen in Frage. Sie schrieben 1981 im Virginia Magazine of History and Biography und führten Beweise dafür an, dass es tatsächlich einen Sklaven namens Toby gab, der auf der Waller-Plantage lebte. Er war dort jedoch mindestens fünf Jahre vor der Ankunft der Lord Ligonier, angeblich mit Kunta an Bord.
Haleys Unterstützer behaupten, dass Haley Roots nie als Tatsache oder Geschichte behauptet hat. Und selbst in der Gegenwart der Kontroverse scheint das öffentliche Image von Roots nicht gelitten zu haben. Es wird immer noch häufig in Schulen gelesen, und viele Geschichts- und Literaturstudiengänge an Colleges und Universitäten betrachten es als wesentlichen Teil ihres Lehrplans. Laut Haley selbst ist Roots nicht wegen seiner Namen und Daten wichtig, sondern als Spiegelbild der menschlichen Natur: „Roots ist all unsere Geschichten. … Es geht nur darum, die Lücken zu füllen …; wenn man anfängt, über Familie zu sprechen, über Abstammung und Vorfahren, dann spricht man über jeden Menschen auf der Erde.“ In der Tat, so behaupten Haleys Bewunderer, bleibt Roots ein großartiges Buch, weil es die universelle Geschichte der Suche der Menschheit nach ihrer Identität ist.