Die Vorfahren der Otoe-Missouria-Indianer waren ein Siouan-Volk aus der Chiwere-Sprachfamilie. Zusammen mit den Iowa und den Winnebago bildeten sie einst einen einzigen Stamm im Norden der Großen Seen. Die Otoe, Missouria und Iowa wanderten im sechzehnten Jahrhundert in den Westsüdwesten und teilten sich. Jahrhundert hatten sich die Otoe entlang der heutigen Grenze zwischen Minnesota und Iowa niedergelassen, während die Missouria in der Nähe des Zusammenflusses von Missouri und Grand River in Missouri lebten. Der erste Kontakt zwischen den Otoe und den Europäern fand 1680 statt.
Die Otoe überquerten daraufhin den Missouri River und ließen sich in der Nähe des Platte River im Südosten Nebraskas nieder. Sie blieben in dieser Gegend bis zu ihrer Umsiedlung ins Indianerterritorium (dem heutigen Oklahoma) in den Jahren 1880-81. In der Zwischenzeit waren die Missouria, die von Pocken und Kriegen mit den Sac and Fox und anderen Feinden heimgesucht wurden, vom Aussterben bedroht. Um 1796 siedelten sich etwa achtzig Missouria bei den Otoe an, und einige wenige schlossen sich den Osage und den Kaw an.
Die Otoe-Missouria lebten in sesshaften Erdhüttendörfern (auch Tipis und Rindenhütten wurden genutzt). Ihre Gesellschaft war patrilinear, wobei die Mitglieder in sieben bis zehn exogame Clans unterteilt waren. Die Clanchefs bildeten einen Stammesrat, wobei der Bärenclan die Hauptführung innehatte. Die Otoe-Missouria jagten Bisons, sammelten Pflanzen und bauten Mais, Bohnen, Kürbisse und Kürbisse an. Sie glaubten an Wakanda, einen universellen Geist. Ihre Bevölkerungszahl wurde auf fünfzehnhundert im Jahr 1830 und 358 im Jahr 1890 geschätzt.
Die Otoe-Missouria traten 1830 erstmals Land an die Vereinigten Staaten ab. Weitere Abtretungen folgten in den Jahren 1833, 1836 und 1854. 1854 erhielten sie ein Reservat entlang des Big Blue River an der Grenze zwischen Kansas und Nebraska. Streitigkeiten über die Frage der Akkulturation spalteten den Stamm in den 1870er Jahren. Die progressiven Mitglieder wurden von ihren Quäker-Vertretern beeinflusst und befürworteten die Assimilation. Bekannt als die Quäker-Bande, wurden sie von der traditionelleren Coyote-Bande bekämpft.
Der Kongress genehmigte 1876 den Verkauf von 120.000 Morgen der Big Blue Reservation, der Rest wurde 1881 verkauft. Die Umsiedlung der Otoe-Missouria in das Indianerterritorium begann Anfang 1880, als Mitglieder des Coyote-Bandes in das Sac-and-Fox-Reservat zogen. Im Herbst 1881 kamen 234 Mitglieder des Quaker-Bandes in ihrem neuen 129.113 Morgen großen Reservat in den heutigen Bezirken Noble und Pawnee an. Der Coyote-Stamm schloss sich ihnen schließlich an.
Trotz des Widerstands der Stämme wurde das Otoe-Missouria-Reservat in den 1890er Jahren zugeteilt. Bis zur Staatsgründung 1907 erhielten 514 Personen Zuteilungen. Viele Stammesmitglieder verließen das Gebiet während der Großen Depression und des Zweiten Weltkriegs. In den Jahren 1964 und 1967 entschädigte die Indian Claims Commission die Otoe-Missouria für das im neunzehnten Jahrhundert abgetretene Land.
Die Verfassung des Otoe-Missouria-Stammes der Indianer wurde 1984 in Übereinstimmung mit dem Oklahoma Indian Welfare Act von 1936 ratifiziert. Der Stamm wird von einem siebenköpfigen Rat regiert, hat seinen Hauptsitz in Red Rock und hatte 2004 eine Bevölkerung von 1.449 Personen. Zu den Unternehmen des Stammes gehört das Seven Clans Paradise Casino in der Nähe von Red Rock. Der Stamm bietet seinen Mitgliedern verschiedene Dienstleistungen an, darunter Wohn-, Gesundheits- und Bildungsprogramme. Ein jährliches Otoe-Missouria-Lager wird im Juli abgehalten. Andere Zeremonien und gesellschaftliche Zusammenkünfte werden im Otoe-Missouria Cultural Center abgehalten.