Obwohl viele der Bergregionen und einige der Tieflandregionen weiterhin stark bewaldet sind, schrumpfen die Wälder des Landes seit Jahrzehnten rapide. Zwischen Mitte des 20. und Anfang des 21. Jahrhunderts wurde die Waldfläche des Landes um mehr als die Hälfte reduziert – größtenteils eine Folge von Abholzung, Bergbau und landwirtschaftlichen Aktivitäten – und macht nun weniger als ein Viertel der gesamten Landfläche des Landes aus. Wo im nördlichen Luzon noch Wälder vorhanden sind, ist die Kiefer der wichtigste Bergbaum. In anderen Gebieten überwiegt oft Lauan (philippinisches Mahagoni).
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Die Vegetation der Philippinen ist größtenteils einheimisch und ähnelt weitgehend der von Malaysia; die Pflanzen und Bäume der Küstengebiete, einschließlich der Mangrovensümpfe, sind praktisch identisch mit denen ähnlicher Regionen im gesamten Malaiischen Archipel. Himalaya-Elemente kommen in den Bergen des nördlichen Luzon vor, während einige australische Arten in verschiedenen Höhenlagen zu finden sind. Die Inseln beherbergen Tausende von Blütenpflanzen- und Farnarten, darunter Hunderte von Orchideenarten, von denen einige extrem selten sind. Hohe, grobe Gräser wie Cogon (Gattung Imperata) sind an vielen Stellen entstanden, wo die Wälder abgebrannt sind.
Die Philippinen werden von mehr als 200 Säugetierarten bewohnt, darunter Wasserbüffel (Carabao), Ziegen, Pferde, Schweine, Katzen, Hunde, Affen, Eichhörnchen, Lemuren, Mäuse, Pangoline (Schuppenameisenbären), Chevrotains (Mäusehirsche), Mungos, Zibetkatzen sowie Rot- und Braunwild, unter anderem. Der Tamarau (Anoa mindorensis), eine Art kleiner Wasserbüffel, ist nur auf Mindoro zu finden. Von den mehr als 50 Fledermausarten sind viele nur auf den Philippinen zu finden. Fossile Überreste zeigen, dass einst Elefanten auf den Inseln lebten.
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Hunderte von Vogelarten leben auf den Philippinen, entweder das ganze Jahr oder einen Teil des Jahres. Zu den bekanntesten Vogelarten gehören Dschungelhühner, Tauben, Pfauen, Fasane, Tauben, Papageien, Hornvögel, Eisvögel, Sonnenvögel, Schwanzvögel, Webervögel, Reiher und Wachteln. Viele Arten sind auf der Insel Palawan endemisch. Der vom Aussterben bedrohte Philippinenadler (Pithecophaga jefferyi) ist hauptsächlich auf isolierte Gebiete auf Mindanao und in der Sierra Madre auf Luzon beschränkt.
Die die Inseln umgebenden Meere und die Seen, Flüsse, Flussmündungen und Teiche im Landesinneren werden von nicht weniger als 2.000 Fischarten bewohnt. Die Tubbataha-Riffe in der Sulu-See wurden 1993 in Anerkennung ihres Reichtums und ihrer Vielfalt an Meereslebewesen zum UNESCO-Weltnaturerbe erklärt; 2009 wurden die Grenzen des Weltnaturerbes auf das Dreifache seiner ursprünglichen Größe erweitert. Der Milchfisch, ein beliebter Speisefisch und der Nationalfisch der Philippinen, ist im Brackwasser und im Meer reichlich vorhanden. Seepferdchen sind in den Riffen der Visayan-Inseln weit verbreitet.
Eine Reihe von Meeresschildkrötenarten, darunter die Lederschildkröte, sind ebenso geschützt wie das Philippinische Krokodil und das Salzwasserkrokodil. Die Inseln sind die Heimat einer Vielzahl von Reptilien und Amphibien. Wasserwarane (Varanus salvator) verschiedener Arten wurden wegen ihrer Häute geschätzt. Skinke, Geckos und Schlangen sind reichlich vorhanden, und mehr als 100 Arten sind auf den Philippinen endemisch. Das Land beherbergt auch viele Arten von Fröschen, darunter mehrere fliegende Arten; die meisten sind auf den Inseln endemisch.