Die Existenz eines Fraktionssystems kann schwerwiegende negative Folgen für eine politische Organisation haben. Wenn Fraktionszwist intensiv und öffentlich wird, kann die Organisation unter der Wahrnehmung von Uneinigkeit leiden. Wenn der Konflikt besonders schwerwiegend ist, kann er zu Brüchen innerhalb der Organisation führen, die ihre Effektivität ernsthaft beeinträchtigen und zur Auflösung oder zum Zusammenbruch der Organisation führen.
Um Schaden von der Organisation abzuwenden, werden Fraktionsgeschäfte in der Regel unter starker Geheimhaltung und mit minimaler öffentlicher Kontrolle durchgeführt. Dies kann jedoch dazu führen, dass sich unethisches Verhalten ausbreitet. Kriege zwischen den Fraktionen können zu Taktiken wie Wahlurnenverstopfung, Stapeln, Mitgliedschaftsbetrug und anderen allgemein betrügerischen Verhaltensweisen führen. Einzelpersonen, die eine Fraktion verlassen, können intensiven persönlichen Rachefeldzügen ausgesetzt sein, bei denen ihre ehemaligen Kameraden ihre Karrieren sabotieren. Ein Klima intensiver Fraktionskonflikte kann Einzelne auch dazu motivieren, sich auf den Angriff auf ihre Fraktionsfeinde zu konzentrieren, anstatt die breitere Organisation voranzubringen.
Trotz dessen werden die Vorteile von Fraktionssystemen oft übersehen. Für Außenstehende ist es oft unverständlich, warum sich Mitglieder einer breiteren Organisation auf Faktionalismus einlassen würden. Dies rührt von der Annahme her, dass die natürliche Beziehung zwischen den Fraktionen von Konflikten und Streit geprägt ist, während Fraktionen in Wirklichkeit oft in der Lage sind, produktiv zusammenzuarbeiten.
In jeder politischen Organisation gibt es wahrscheinlich viele sehr meinungsstarke und leidenschaftliche Menschen. Die Existenz eines Fraktionssystems ermöglicht es, dass die Abläufe vorhersehbarer und stabiler sind. Kompromisse und ein Geben und Nehmen zwischen den Fraktionen erlaubt es der Organisation, zu funktionieren, ohne die Launen vieler verschiedener, kompromissloser Individuen befriedigen zu müssen, die sonst eine Spaltung verursachen könnten. So kann Fraktionsdenken, etwas kontraintuitiv, tatsächlich die organisatorische Harmonie fördern.
Fraktionen helfen auch, die Attraktivität der Organisation zu erweitern und zu diversifizieren. Eine Person, die sonst die Ziele der Organisation unattraktiv finden würde, könnte davon überzeugt werden, eine Fraktion innerhalb der Organisation zu unterstützen, deren Ziele ihren eigenen näher sind. Genauso wie eine demokratische Regierung oft durch eine starke Opposition gestärkt wird, kann eine Organisation, die eine Reihe von unterschiedlichen Standpunkten vertritt, diese beleben und ihr ermöglichen, ihre Aufgabe effektiver zu erfüllen. Es ist auch sehr unwahrscheinlich, dass irgendeine größere politische Organisation in ihren Zielen völlig geeint ist, so dass Fraktionen wohl einfach eine Möglichkeit darstellen, mit bereits bestehenden Differenzen innerhalb der Organisation umzugehen.
Die Gründerväter der amerikanischen Verfassung warnten ausdrücklich vor den Gefahren des Parteifraktionalismus. Madison, Hamilton und Washington äußerten die Überzeugung, dass Fraktionen zu Spaltungen führen würden, die letztlich die Regierung demontieren würden. Diese Ansichten finden sich in den Federalist Papers, insbesondere in den von Madison verfassten Federalist 10 und 51.