Ekosystem jeziorny, zwany też ekosystemem wód stojących lub ekosystemem soczewkowatym, każdy staw lub jezioro postrzegane jako ekosystem. Ekosystem rzeczny lub lotosowy, w przeciwieństwie do niego, ma płynącą wodę – np, rzekę lub strumień.
Stawy są stosunkowo płytkie, ze znaczną penetracją światła. Wspierają różnorodność zakorzenionych roślin wodnych. Woda jest dobrze wymieszana od góry do dołu, ale występują duże sezonowe zmiany w wietrze, temperaturze, opadach i parowaniu. Jest to siedlisko niepewne, podlegające wielu zaburzeniom równowagi. Zwierzęcy mieszkańcy muszą posiadać znaczne fizjologiczne zdolności adaptacyjne, aby przetrwać.
Jeziora są większe i głębsze, często stratyfikowane pod względem penetracji światła, zakresu temperatur i stężenia tlenu. Taka gradacja od góry do dołu głęboko wpływa na życie w jeziorach pod względem rozmieszczenia i adaptacji. Zmiany sezonowe są stopniowe i obejmują wiosenne i jesienne przewroty wody oraz letnie i zimowe stratyfikacje.
Trzy główne strefy siedliska są zwykle obecne: (1) litoral, strefa płytkowodna, ze światłem przenikającym do dna i wspierającym zakorzenione rośliny i zwierzęta żyjące na dnie; (2) limnetic, woda otwarta na efektywne przenikanie światła, wspierająca plankton roślinny i zwierzęcy; oraz (3) profundal, dno i obszar głębinowy poza przenikaniem światła, wspierający organizmy przystosowane do ciemności.