Las desventajas son que no tienen en cuenta el estado de la propiedad, ya que no se realiza una inspección física de la misma y, por tanto, la valoración realizada asume un estado medio que puede no reflejar la realidad actual. Los compradores que confíen en una solicitud de hipoteca respaldada por un AVM tendrán que asesorarse por separado para determinar el verdadero estado del inmueble. Los inmuebles de nueva construcción son especialmente difíciles de valorar debido a la falta de inmuebles comparables y de datos históricos; sin embargo, una ventaja de los AVM es que se basan en un mayor número de comparables y, por lo tanto, no son propensos a incorporar la supuesta «prima de nueva construcción», aunque se basaría en comparables procedentes de inspecciones físicas para conseguirlo. Otras fuentes de datos utilizadas son a veces engañosas debido a los incentivos ocultos en los precios de venta registrados (por ejemplo, el Registro de la Propiedad). Los AVMs tampoco funcionan especialmente bien en grandes bloques de pisos donde el aspecto puede tener un efecto significativo en el valor.
La preocupación inicial sobre la eficacia de los AVMs en los mercados en declive ha sido respondida ya que los modelos de mejor rendimiento han seguido siendo muy eficaces a lo largo de las últimas recesiones, aunque su uso para «valoraciones retrospectivas» ha contribuido a la actividad de despilfarro en algunas áreas – esto no es un fallo de las herramientas, sino una falta de apreciación por parte de algunos de los que los utilizan.
Muchos AVMs también utilizan datos transaccionales, que pueden tener un retraso de entre tres y seis meses, aunque los peritos están igualmente restringidos en cuanto a la actualidad de los datos. Por lo tanto, se trata de una buena fuente de datos, pero todavía no tiene en cuenta los cambios en las condiciones actuales del mercado.
Los AVM han sido utilizados por los prestamistas hipotecarios en un número cada vez mayor en los últimos 15 años, y son particularmente eficaces cuando el stock de viviendas es muy genérico, como las urbanizaciones más nuevas. En zonas con una mayor variedad de tipos y estilos de propiedad, es mucho menos eficaz. La mayoría de los préstamos con una alta relación préstamo-valor requerirán una inspección física, mientras que las hipotecas de menor riesgo o los prestatarios se evaluarán mediante un AVM.