Los antepasados de los indios Otoe-Missouria eran un pueblo siouan de la familia lingüística chiwere. Junto con los Iowa y los Winnebago, formaban una única tribu del norte de los Grandes Lagos. Los Otoe, Missouria e Iowa emigraron al oeste-suroeste durante el siglo XVI y se dividieron. A finales del siglo XVII, los otoe se habían asentado a lo largo de la actual frontera entre Minnesota y Iowa, y los missouria vivían cerca de la confluencia de los ríos Missouri y Grand en Missouri. El primer contacto entre los otoe y los europeos se produjo en 1680.
Los otoe cruzaron posteriormente el río Misuri y se establecieron cerca del río Platte, en el sureste de Nebraska. Permanecieron en esa zona hasta su traslado al Territorio Indio (actual Oklahoma) en 1880-81. Mientras tanto, los missouria, asolados por la viruela y la guerra con los sac y fox y otros enemigos, se enfrentaban a la extinción. Alrededor de 1796, unos ochenta Missouria se asentaron entre los Otoe, y unos pocos restantes se unieron a los Osage y los Kaw.
Los Otoe-Missouria vivían en aldeas sedentarias de tierra (también se utilizaban tipis y cabañas de corteza). Su sociedad era patrilineal, con miembros divididos en siete a diez clanes exogámicos. Los jefes de los clanes formaban un consejo tribal, en el que el clan del Oso ejercía el liderazgo principal. Los Otoe-Missouria cazaban bisontes, recolectaban plantas y cultivaban maíz, judías, calabazas y calabacines. Creían en Wakanda, un espíritu universal. Se calcula que su población era de mil quinientos habitantes en 1830 y de 358 en 1890.
Los otoe-missouria cedieron por primera vez tierras a los Estados Unidos en 1830. Siguieron otras cesiones en 1833, 1836 y 1854. En 1854 recibieron una reserva a lo largo del río Big Blue, en la frontera entre Kansas y Nebraska. El faccionalismo sobre la cuestión de la aculturación dividió a la tribu durante la década de 1870. Los miembros progresistas estaban influenciados por sus agentes cuáqueros y favorecían la asimilación. Conocidos como la banda de los cuáqueros, se oponían a la banda más tradicional de los coyotes.
El Congreso aprobó la venta de 120.000 acres de la reserva del Big Blue en 1876, y el resto se vendió en 1881. El traslado de los Otoe-Missouria al Territorio Indio comenzó a principios de 1880 cuando los miembros de la banda Coyote se trasladaron a la reserva Sac and Fox. En otoño de 1881, 234 miembros de la banda Quaker llegaron a su nueva reserva de 129.113 acres en los actuales condados de Noble y Pawnee. La banda de los Coyote acabó uniéndose a ellos.
A pesar de la resistencia tribal, la reserva de los Otoe-Missouria fue adjudicada a partir de la década de 1890. En 1907, el estado había asignado a 514 personas. Muchos miembros de la tribu abandonaron la zona durante la Gran Depresión y la Segunda Guerra Mundial. En 1964 y 1967, la Comisión de Reclamaciones Indias compensó a los Otoe-Missouria por las tierras cedidas durante el siglo XIX.
La Constitución de la Tribu de Indios Otoe-Missouria fue ratificada en 1984 de acuerdo con la Ley de Bienestar Indígena de Oklahoma de 1936. Gobernada por un consejo de siete miembros, la tribu tiene su sede en Red Rock y tenía una población de 1.449 habitantes en 2004. Las empresas de la tribu incluyen el Casino Seven Clans Paradise, cerca de Red Rock. La tribu ofrece a sus miembros diversos servicios, como programas de vivienda, salud y educación. En julio se celebra un campamento anual Otoe-Missouria. Otras ceremonias y reuniones sociales se celebran en el Centro Cultural Otoe-Missouria.