Aunque muchas de las regiones montañosas y algunas de las tierras bajas siguen siendo muy boscosas, los bosques del país han disminuido rápidamente durante décadas. Entre mediados del siglo XX y principios del XXI, la superficie forestal del país se redujo a más de la mitad -en gran parte como resultado de la tala, la minería y las actividades agrícolas- y ahora representa menos de una cuarta parte de la superficie total del país. En los lugares donde quedan bosques en el norte de Luzón, el principal árbol de montaña es el pino. En otras zonas, suele predominar el lauan (caoba filipina).
La mayor parte de la vegetación de Filipinas es autóctona y se asemeja en gran medida a la de Malasia; las plantas y los árboles de las zonas costeras, incluidos los manglares, son prácticamente idénticos a los de regiones similares de todo el archipiélago malayo. En las montañas del norte de Luzón hay elementos del Himalaya, mientras que en varias altitudes se encuentran algunos tipos australianos. Las islas albergan miles de especies de plantas con flores y helechos, entre ellas cientos de especies de orquídeas, algunas de las cuales son extremadamente raras. Las hierbas altas y gruesas, como el cogon (género Imperata), han surgido en muchos lugares donde los bosques se han quemado.
En Filipinas habitan más de 200 especies de mamíferos, como búfalos de agua (carabaos), cabras, caballos, cerdos, gatos, perros, monos, ardillas, lémures, ratones, pangolines (osos hormigueros escamosos), chevrotains (ciervos ratón), mangostas, civetas y ciervos rojos y pardos, entre otros. El tamarau (Anoa mindorensis), una especie de pequeño búfalo de agua, sólo se encuentra en Mindoro. De las más de 50 especies de murciélagos, muchas son propias de Filipinas. Los restos fósiles demuestran que los elefantes vivieron en las islas.
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Cientos de especies de aves viven en Filipinas, ya sea durante todo el año o parte de él. Entre las aves más destacadas están las aves de la selva, las palomas, los pavos reales, los faisanes, las palomas, los loros, los cálaos, los martines pescadores, los pájaros de sol, los pájaros de cola, los tejedores, las garzas y las codornices. Muchas especies son endémicas de la isla de Palawan. El águila filipina (Pithecophaga jefferyi), en peligro de extinción, se limita principalmente a zonas aisladas en Mindanao y en la Sierra Madre de Luzón.
Los mares que rodean las islas y los lagos, ríos, estuarios y estanques del interior están habitados por no menos de 2.000 variedades de peces. Los arrecifes de Tubbataha, en el mar de Sulu, fueron designados Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO en 1993 en reconocimiento a su abundancia y diversidad de vida marina; en 2009 los límites del sitio del Patrimonio de la Humanidad se ampliaron hasta triplicar su tamaño original. El pez lechero, muy popular como alimento y pez nacional de Filipinas, abunda en las aguas salobres y marinas. Los caballitos de mar son comunes en los arrecifes de las islas Visayas.
Una serie de especies de tortugas marinas, incluida la tortuga laúd, están protegidas, al igual que el cocodrilo filipino y el cocodrilo de agua salada. Las islas albergan una gran variedad de reptiles y anfibios. Los lagartos acuáticos (Varanus salvator) de diversos tipos han sido apreciados por sus pieles. Abundan los eslizones, las salamanquesas y las serpientes, y más de 100 especies son endémicas de Filipinas. El país también alberga muchos tipos de ranas, incluidas varias variedades voladoras; la mayoría son endémicas de las islas.