Istnienie systemu frakcyjnego może mieć poważne negatywne konsekwencje dla organizacji politycznej. Jeśli spory frakcyjne staną się intensywne i publiczne, organizacja może ucierpieć z powodu postrzegania jej jako rozłamowej. Co więcej, jeśli konflikt jest szczególnie ostry, może spowodować pęknięcia wewnątrz organizacji, które poważnie ograniczą jej efektywność, prowadząc do rozpadu lub upadku organizacji.
Aby uniknąć szkód dla organizacji, operacje frakcyjne są zwykle prowadzone w ścisłej tajemnicy i przy minimalnej kontroli publicznej. Może to jednak prowadzić do rozprzestrzeniania się zachowań nieetycznych. Wojna pomiędzy frakcjami może prowadzić do stosowania taktyk takich jak podrzucanie do urn wyborczych, stack-out, oszustwa członkowskie i inne ogólnie nieuczciwe zachowania. Osoby, które porzucają frakcję, mogą być obiektem intensywnej osobistej wendety, w ramach której ich dawni towarzysze sabotują ich karierę. Klimat intensywnego konfliktu frakcyjnego może również motywować jednostki do skupiania się na atakowaniu wrogów frakcji, zamiast na wspieraniu szerszej organizacji.
Mimo to, korzyści płynące z systemów frakcyjnych są często niedostrzegane. Dla osób z zewnątrz często niezrozumiałe jest, dlaczego członkowie szerszej organizacji mieliby angażować się we frakcjonizm. Wynika to z założenia, że naturalną relacją między frakcjami jest konflikt i spory, podczas gdy w rzeczywistości frakcje często są w stanie angażować się w produktywną współpracę.
W każdej organizacji politycznej prawdopodobnie znajdzie się wiele osób o silnych poglądach i pasjach. Istnienie systemu frakcyjnego pozwala na większą przewidywalność i stabilność jego działań. Kompromis i ustępstwa między frakcjami pozwalają organizacji działać bez konieczności zaspokajania kaprysów wielu różnych, bezkompromisowych jednostek, które w przeciwnym razie mogłyby doprowadzić do rozłamu. Tak więc, nieco sprzecznie z intuicją, frakcyjność może w rzeczywistości promować harmonię organizacyjną.
Frakcje pomagają również poszerzyć i zróżnicować atrakcyjność organizacji. Osoba, która w przeciwnym razie uznałaby cele organizacji za nieatrakcyjne, może zostać przekonana do poparcia frakcji w organizacji, której cele są bliższe jej własnym. Tak jak silna opozycja często ożywia demokratyczny rząd, tak samo istnienie w organizacji kilku różnych punktów widzenia może ją ożywić i pozwolić jej skuteczniej wypełniać swoją rolę. Jest również bardzo mało prawdopodobne, aby jakakolwiek duża organizacja polityczna była całkowicie zjednoczona w swoim celu, więc prawdopodobnie frakcje stanowią po prostu sposób zarządzania istniejącymi wcześniej różnicami wewnątrz organizacji.
Ojcowie założyciele amerykańskiej konstytucji wyraźnie ostrzegali przed niebezpieczeństwami związanymi z frakcyjnością partii. Madison, Hamilton i Washington wyrazili przekonanie, że frakcje doprowadzą do podziałów, które ostatecznie doprowadzą do rozpadu rządu. Te poglądy można znaleźć w The Federalist Papers, a konkretnie w Federalist 10 i 51 napisanych przez Madisona.