Zlokalizowany w wiosce Passy, zamek Muette został rozczłonkowany i sprzedany w partiach przez rząd rewolucyjny w 1790 roku. Część jego dawnych terenów była teraz zajęta przez Ranelagh, ogród przyjemności nazwany na cześć irlandzkiego lorda, który ustanowił tę modę w Londynie. Kiedy w 1860 roku Passy zostało wchłonięte przez Paryż, tereny te stały się własnością miejską, a baron Haussmann nakazał przekształcić je w ogród, zachowując nazwę Ranelagh. W drugiej połowie XIX wieku ziemia, z której wychodziło na ten sześciohektarowy park, była ceniona przez bogatą klientelę pragnącą wybudować tam rezydencje. Jednym z nich był François Christophe Edmond Kellermann, książę Valmy. Urodzony w 1835 roku, dyplomata, poseł i literat, nabył 4 maja 1863 roku działkę pomiędzy 20 Avenue Raphaël i 17 Boulevard Suchet za sumę 137 577 franków. Umowa sprzedaży przewidywała zobowiązanie do wybudowania tam w ciągu najbliższych dwóch lat mieszczańskiego domu mieszkalnego o powierzchni co najmniej 600 metrów kwadratowych. Plany księcia były bardziej ambitne i po części spekulacyjne. Z trzech kamienic, które chciał wybudować, dwie znajdowały się na końcu działki przy Boulevard Suchet. Pierwsza, o powierzchni 282 metrów kwadratowych, została sprzedana 13 lipca 1866 roku malarzowi Marie Paul Alfred Parent de Curzon, za 80 000 franków. Drugą, składającą się z kamienicy z dziedzińcem, ogrodem i zabudowaniami gospodarczymi, nabył 27 listopada 1866 roku niejaki M. Lalande za 70 000 franków. Trzecią posiadłość, o powierzchni 2.020 metrów kwadratowych przy 20 Avenue Raphaël, Kellermann zatrzymał dla siebie. Niewiele wiemy o tej posiadłości, poza tym, że główny budynek był podpiwniczony, miał pierwsze piętro i górne piętro, a flankowany był przez dwa pawilony, również podpiwniczone, ale tylko z jednym piętrem powyżej. Posiadłość posiadała ogród w stylu angielskim, na końcu którego, w prawym rogu, stał budynek w kształcie litery L ze ściętym narożnikiem, składający się z parteru i piętra oraz małego wewnętrznego dziedzińca z przeszklonym otoczeniem. Po śmierci księcia w 1868 roku jego żona i córka nie mogły sobie pozwolić na utrzymanie posiadłości i została ona sprzedana 7 czerwca 1882 roku Jules’owi Marmottanowi za 260 000 franków.
Urodzony w Valenciennes 26 grudnia 1829 roku, Marmottan pochodził z rodziny z Le Quesnoy w północnej Francji. Po studiach prawniczych pracował przez pewien czas u paryskiego maklera giełdowego, zanim w 1870 roku objął stanowisko dyrektora Les Mines de Bruay. Uczynił z nich jedną z wiodących firm górniczych w Pas-de-Calais. Jako zarządca kilku francuskich firm energetycznych i transportowych angażował się również w ich działalność filantropijną. W 1879 roku został skarbnikiem generalnym La Gironde. Jako miłośnik sztuki, Marmottan korzystał z porad Antoine’a Brasseura, handlarza, który został zapamiętany jako darczyńca sześćdziesięciu czterech obrazów Starego Mistrza i pokaźnej kolekcji ceramiki dla muzeum sztuki w jego rodzinnym mieście Lille. Za jego pośrednictwem Marmottan nabył około czterdziestu obrazów przedrenesansowych artystów z Włoch, Flandrii i Niemiec, w tym wybitne i rzadkie Zejście z krzyża Hansa Muelicha. Polichromowane drewniane statuetki z Mechelen i gobeliny z żywotami świętych Zuzanny i Aleksandra również ilustrowały jego upodobania do sztuki średniowiecznej i renesansowej. Dzieła te, zakupione u handlarza w Kolonii przez miłośnika sztuki, który dzielił swoje życie między Valenciennes i Bordeaux, miały jednak ostatecznie ozdobić paryską rezydencję Marmottana. Umierając 10 marca 1883 roku w Bordeaux, Jules pozostawił swojemu jedynemu synowi Paulowi znaczny majątek, a także, w specjalnym zapisie, rezydencję przy Avenue Raphaël oraz swoje zbiory.
Urodzony w Paryżu 26 sierpnia 1856 roku, Paul Marmottan studiował prawo na Uniwersytecie w Aix. Po ukończeniu studiów, w 1880 r., został przydzielony do biura prefekta Vaucluse i pracował jako aplikant adwokacki w paryskim sądzie apelacyjnym. W listopadzie 1882 r. został radcą prefektury Eure, ale po śmierci ojca poprosił o urlop i zrezygnował z kariery urzędnika państwowego. Zamieszkał w Paryżu i w 1885 r. ożenił się z Gabrielle Rheims. Rozwiedli się bezdzietnie w 1894 r., a śmierć w 1904 r. Marie Martin, którą zamierzał poślubić jako drugą żonę, pozostawiła Marmottana bez spadkobierców i skłonnego do samotnej egzystencji. Jako człowiek niezależny, poświęcał czas na studiowanie historii i sztuki okresu 1789-1830. Stał się płodnym autorem i uznanym specjalistą w zakresie okresu Konsulatu i Imperium, pomagając w rehabilitacji jego często pomijanej sztuki. Jego badania jako historyka były podstawą jego zakupów jako miłośnika sztuki, który dążył do naśladowania swojego ojca i stworzenia własnej kolekcji. Paul Marmottan zgromadził swoje pierwsze nabytki w pawilonie, który przebudował w stylu empire. Wystawił tam posągi członków rodziny cesarskiej z marmuru karraryjskiego. Starannie dobrane meble pochodziły m.in. z pałacu Tuileries, jednej z rezydencji Napoleona, oraz z Palazzo Reale di Portici w Neapolu, który był urządzony dla siostry Napoleona, Karoliny, żony księcia Murata. Marmottan zgromadził również rzadką i reprezentatywną kolekcję klasycznych jeszcze „petits maîtres” z okresu porewolucyjnego, których pejzaże stały się tematem jego książki L’École française de peinture (1789-1830), wydanej w 1886 roku. Ten autorytatywny zespół zawisł w pawilonie na przełomie XIX i XX wieku. Wśród innych płócien, pejzaże Jeana Victora Bertina (s. 66), Étienne’a Josepha Bouhota, Louisa Gauffiera, Adolphe’a Eugène’a Gabriela Roehna i Jacques’a François Josepha Swebacha (zwanego Swebach-Desfontaines) zgromadzono wokół jego wybitnych dzieł: sześciu przedstawień cesarskich rezydencji namalowanych około 1810 roku przez Jeana Josepha Xaviera Bidaulda we współpracy z Carlem Vernetem i Louisem Léopoldem Boilly. Marmottan był specjalistą od Boilly’ego i napisał przełomową monografię tego malarza. Około trzydziestu portretów artysty zawsze wisiało w głównym domu, i z pewnością nie jest przypadkiem, że jego imię powinna była nosić ulica położona prostopadle do Avenue Raphaël, obok kamienicy kolekcjonera, w 1913 roku.
Około 1910 roku Paul Marmottan nabył sąsiednią ziemię w celu rozbudowy swojego domu. Również w tym czasie zmodyfikował część kamienicy, w której znajdowała się kolekcja jego ojca, aby zaprezentować również swoje własne nabytki. Przeprojektował kilka salonów w głównym domu, które przed tą interwencją jeden z komentatorów (Potin, 1907) porównał do gabinetu w Chantilly, zarówno ze względu na wiek dzieł sztuki, jak i na gęstość ich zawieszenia. Sypialnia na drugim piętrze, obecna jadalnia i dwa okrągłe salony na pierwszym piętrze są jednymi z pomieszczeń, które zostały przekształcone. Wystrój został zaprojektowany przez samego Marmottana, autora autorytatywnej książki o stylu Le Style Empire. Rotunda, przez którą zwiedzający wchodzą teraz do muzeum, służyła w tamtym czasie jako westybul i została ozdobiona w stylu empire niszami i marmurowymi rzeźbami. Dekoracja okrągłego salonu wychodzącego na ogród została powierzona Gastonowi Cornu, który na swoim papierze firmowym opisał go jako „specjalistę od wszelkiego rodzaju form i polichromowanych imitacji artystycznych” (Archives Paul Marmottan, Paryż, Musée Marmottan Monet). Rzemieślnik ten wykonał serię pilastrów o falistych bazach, kolumny jońskie (według modelu dostarczonego przez Marmottana) oraz rzeźbiony fryz z gryfami i girlandami w stiuku z częściowym złoceniem. W każdym z tych salonów, a także w obecnej jadalni, szczególną uwagę zwrócono na drzwi, które zostały ozdobione antycznymi tancerzami i zwieńczone eleganckimi stiukowymi postaciami w greckich draperiach, wyróżniającymi się na tle jednolitego kolorowego podłoża. Aby wyposażyć te przestronne pokoje, Paul Marmottan dokonał wielu znaczących zakupów, wśród których na pierwszy plan wysuwa się łóżko należące niegdyś do Napoleona I, żyrandol z muzykami, biurko z pieczęcią Pierre’a Antoine’a Bellangé, monumentalny portret księżnej Feltre i jej dzieci oraz niezwykły „zegar geograficzny” z porcelany z Sèvres.
Paul Marmottan uważał tę kamienicę z jej empirowymi salonami i galerią obrazów, która w pewien sposób przypominała stare gabinety osobliwości, za część swoich największych osiągnięć. Podobnie jak przed nim Nélie Jacquemart-André, podobnie jak Moïse de Camondo, Marmottan przekazał swój dom instytucji kulturalnej w celu zachowania go i udostępnienia publiczności. Zadanie to powierzył Académie des Beaux-Arts, która odziedziczyła budynek i jego zbiory po jego śmierci 15 marca 1932 roku.
Akademia Sztuk Pięknych, znana od 1803 roku, została założona w 1648 roku jako Académie Royale de Peinture w celu promowania sztuki francuskiej. Odpowiedzialna za nauczanie i organizowanie Salonu, była poświęcona zachowaniu narodowej tradycji artystycznej. Zapis Paula Marmottana rozszerzył jej misję, czyniąc ją strażnikiem znaczącej części francuskiego dziedzictwa.
Jako jeden z fundamentów Académie des Beaux-Arts, Musée Marmottan zostało otwarte dla publiczności 21 czerwca 1934 roku. Zgodnie z życzeniem założyciela, małe i pomocnicze pomieszczenia (kuchnie, łazienki, itp.) zniknęły, aby stworzyć większe przestrzenie i ułatwić zwiedzanie. Oprócz tej fizycznej adaptacji, muzeum czekały inne zmiany, ponieważ aura Académie des Beaux-Arts przyciągała nowe darowizny i zapisy. Muzeum wzbogaciło swoje zbiory i otworzyło nowy rozdział w swojej historii.
Sztuka drugiej połowy XIX wieku weszła do Musée Marmottan w 1938 roku. Rysunki podarowane przez syna Williama Adolphe’a Bouguereau, jednego z najwybitniejszych malarzy akademickich swoich czasów i członka Instytutu, oraz studia zapisane w testamencie przez brata malarza naturalisty Jules’a Bastien-Lepage’a (byłego ucznia Alexandre’a Cabanela) były bardzo zgodne z tradycją uosabianą przez Académie des Beaux-Arts i promowaną przez Marmottana. Jednak darowizny dokonane przez Victorine i Eugène Donop de Monchy radykalnie zmieniły sytuację. Victorine urodziła się 15 kwietnia 1863 roku, w tym samym roku, w którym książę de Valmy nabył działkę, na której powstała kamienica przy Avenue Raphaël 20. Wraz z mężem była jedną z pierwszych osób odwiedzających Muzę Marmottana. Bezdzietna, postanowiła przekazać mu dużą część kolekcji, którą odziedziczyła po swoim ojcu, lekarzu Georges de Bellio. Wojna przyspieszyła jej decyzję. Między 1940 a 1947 rokiem Victorine przekazała Académie des Beaux-Arts kilka darów ręcznie. Te azjatyckie dzieła sztuki oraz obrazy i rysunki, zarówno starożytne, jak i współczesne, ilustrowały eklektyczne gusta pani doktor. I chociaż „Pijak” Fransa Halsa i „Palacz fajki” Dircka van Baburena doskonale czuły się w dawnej rezydencji Paula Marmottana, to wejście obrazu „Impresja, wschód słońca” wraz z dziesięcioma innymi płótnami impresjonistów stanowiło ważny punkt zwrotny. W czasie, gdy doktor de Bellio zyskiwał sławę jednego z pierwszych zwolenników Claude’a Moneta i jego przyjaciół, Paul Marmottan i Académie des Beaux-Arts toczyli z nimi walkę. W swojej przedmowie do L’École française de peinture (1789-1830) Marmottan jednoznacznie potępiał swoich współczesnych: „Nie rysuje się, tylko szkicuje; nie maluje się, tylko maluje pędzlem. To jest najbardziej widoczna tendencja dnia dzisiejszego. . . . To ociąganie się pochodzi przede wszystkim ze skrajnej ignorancji lub pobłażliwości miłośników sztuki, którzy są szczęśliwi, gdy szukają tylko wrażenia” (Marmottan, 1886). Ze swej strony Académie zamknęła Salon dla tych młodych malarzy po 1870 roku, w wyniku czego postanowili oni zorganizować własne wystawy. To właśnie podczas pierwszej z nich, w 1874 roku, Impresja, wschód słońca zainspirowała krytyka Louisa Leroya do wymyślenia żrącego określenia impresjonista. Wraz z wejściem do muzeum tych jedenastu płócien impresjonistów w 1940 roku Académie uznała wreszcie wartość impresjonizmu. Co więcej, stała się właścicielem i strażnikiem dzieł, od których grupa wzięła swoją nazwę. Przyjazd płócien Moneta, Berthe Morisot, Pierre’a Auguste’a Renoira, Alfreda Sisleya, Camille’a Pissarro i Armanda Guillaumina został należycie uczczony. Stały się one podstawą kolekcji impresjonistów w Musée Marmottan.
Dzięki Michelowi Monetowi kolekcja impresjonistów stała się wkrótce jednym z największych bogactw muzeum. Młodszy syn Claude’a Moneta i jedyny po śmierci brata Jeana w 1914 roku, był jego jedynym potomkiem, spadkobiercą domu w Giverny i wszystkich dzieł w nim zawartych, gdy malarz zmarł w 1926 roku. W ten sposób otrzymał obrazy i rysunki mistrzów i przyjaciół, które ojciec kolekcjonował, w tym Eugène Delacroix, Eugène Boudin, Johan Barthold Jongkind, Gustave Caillebotte, Renoir i Morisot. Przede wszystkim jednak Michel odziedziczył po ojcu jego późne dzieła. Większość z nich wchodziła w skład zespołu monumentalnych płócien przedstawiających lilie wodne. W latach 1914-1926 Claude Monet namalował 125 dużych paneli, z których część podarował swojej ojczyźnie, Francji. Monet nie zgodził się na ujawnienie tego daru za życia i to, co dziś znamy jako Lilie wodne z Oranżerii, zostało pokazane publiczności dopiero w 1927 roku. Wystawa wywołała skandal; ostatnie dzieło Moneta trafiło wówczas do czyśćca historii sztuki. Michel, który posiadał największą część tego, co pozostało z tego wielkiego zespołu, uznał, że jest właścicielem spadku, który został oczerniony. Jego starania o rehabilitację wielkich Lilii Wodnych nie odniosły we Francji większego skutku, a muzea narodowe nie kupiły żadnego z wystawionych przez niego dzieł. To jeden z powodów, dla których nie zdecydował się na przekazanie swojej kolekcji państwu. Zamiast tego bezdzietny Michel uczynił Muzę Marmottan swoim jedynym spadkobiercą. Po jego śmierci, w 1966 roku, do zbiorów instytucji trafiło ponad sto Monetów, w tym unikalny zespół wielkoformatowych Lilii Wodnych. Ponieważ salony kamienicy Paula Marmottana były zbyt małe, by wystawiać w nich dzieła o takiej skali, specjalnie zaprojektowano nowe pomieszczenie pod ogrodem. W 1970 roku płótna, z których większość nigdy nie była pokazywana, zostały wystawione na widok publiczny. Tworzą one największą na świecie kolekcję dzieł Claude’a Moneta. Dom Paula Marmottana rozrósł się i stał się również domem ojca impresjonizmu. Muzeum stało się znane jako Musée Marmottan Monet.
Kilku innych potomków artystów poszło za przykładem Michela Moneta. W 1985 roku Nelly Sergeant-Duhem, adoptowana córka malarza postimpresjonistycznego Henri Duhema, podarowała muzeum dużą liczbę dzieł, w tym Spacer w Argenteuil Moneta i Wiązankę kwiatów Paula Gauguina.
Podobnie, rodzina Rouart przekazała muzeum wiodącą na świecie kolekcję dzieł ich przodka, Berthe Morisot. Mieszkając w 16. dzielnicy od 1852 roku, rodzina ta dobrze znała Muzejum Marmottan. Berthe Morisot i jej mąż, Eugène Manet, wprowadzili się do rodzinnego domu w pobliżu Étoile w 1883 roku, w tym samym roku, w którym Paul Marmottan wprowadził się na Avenue Raphaël. Ich córka Julie, jej mąż Ernest Rouart, siostrzenica Jeannie Gobillard i jej mąż Paul Valéry zamieszkali później w tym domu, podobnie jak kilkoro ich dzieci. To właśnie jako sąsiedzi M. i Mme Ernest Rouart i Mme Paul Valéry uczestniczyli w inauguracji Musée Marmottan (Le Figaro, 30 czerwca 1934). Bez wątpienia sprzyjała temu zapisowi więź łącząca wnuka artysty, historyka sztuki Denisa Rouarta, z Danielem Wildensteinem, członkiem Académie des Beaux-Arts, którzy byli współautorami katalogu raisonné Édouarda Maneta. W 1993 roku wraca do muzeum dwadzieścia pięć obrazów Berthe Morisot oraz unikalny zespół grafik, rysunków i obrazów Maneta, Edgara Degasa, Jeana-Baptiste’a Camille’a Corota i innych. Portrety Julie, Jeannie i jej siostry, Paule, szkicowane w Bois de Boulogne i w pluszowych wnętrzach 16. dzielnicy, były bardzo na miejscu, gdy wystawiano je w galeriach Musée Marmottan.
Wielu innych dobroczyńców wzbogaciło muzeum od momentu jego powstania. W 1981 r. Daniel Wildenstein ofiarował kolekcję iluminacji, którą jego ojciec, Georges, zaczął gromadzić w wieku szesnastu lat. W latach 1909-1930 dealer nabył wiele dzieł pierwszego rzędu na aukcjach, w galeriach i na Marché Biron w Paryżu. Pochodzący z prestiżowych kolekcji – Jeana Dollfusa, Édouarda Aynarda i Frédérica Engel-Grosa – zespół zawierał wiele arcydzieł, w tym kilka stron przypisywanych Jeanowi Fouquetowi, Jeanowi Bourdichonowi, Jeanowi Perréalowi i Giulio Clovio. Cała kolekcja, skompletowana przez Daniela, została umieszczona w Musée Marmottan Monet. 322 miniatury szkoły francuskiej, włoskiej, flamandzkiej i angielskiej, pochodzące z okresu od średniowiecza do renesansu, stanowią jedną z najwspanialszych kolekcji iluminacji we Francji. Kamienica w stylu empire i wielkie centrum impresjonizmu, muzeum stało się również najważniejszym miejscem do badania starożytnych manuskryptów.