De nadelen zijn dat ze geen rekening houden met de staat van het onroerend goed, aangezien er geen fysieke inspectie van het onroerend goed plaatsvindt en de taxatie daarom uitgaat van een gemiddelde staat die mogelijk niet overeenkomt met de huidige realiteit. Nieuwbouwwoningen zijn bijzonder moeilijk te taxeren door het gebrek aan vergelijkbare woningen en historische gegevens; een voordeel van AVM’s is echter dat zij gebruik maken van een grotere pool van vergelijkbare woningen en als zodanig niet geneigd zijn de beweerde “nieuwbouwpremie” te incorporeren, hoewel hiervoor vergelijkingsmateriaal van fysieke inspecties nodig zou zijn. Andere gebruikte gegevensbronnen zijn soms misleidend als gevolg van verborgen prikkels in geregistreerde verkoopprijzen (bv. Kadaster). AVM’s werken ook niet bijzonder goed op grote flatgebouwen waar het aspect een aanzienlijk effect op de waarde kan hebben.
De aanvankelijke bezorgdheid over de effectiviteit van AVM’s in dalende markten is nu beantwoord, aangezien de best presterende modellen zeer effectief zijn gebleven gedurende de laatste recessies, hoewel hun gebruik voor “taxaties achteraf” heeft bijgedragen aan verkwistende activiteiten in sommige gebieden – dit is geen fout van de instrumenten, maar een gebrek aan waardering door sommigen van degenen die ze gebruiken.
Veel AVM’s maken ook gebruik van transactiegegevens, die drie tot zes maanden kunnen achterlopen, hoewel taxateurs evenzeer beperkt zijn in termen van actualiteit van gegevens. Dit is dus een goede gegevensbron, maar houdt nog steeds geen rekening met veranderingen in de huidige marktomstandigheden.
AVM’s zijn de afgelopen 15 jaar in toenemende mate gebruikt door hypotheekverstrekkers, en zijn vooral effectief waar het woningbestand zeer generiek is, zoals nieuwere woonwijken. In gebieden met een grotere verscheidenheid aan woningtypes en -stijlen is het veel minder effectief. De meeste leningen met een hoge loan to value ratio zullen een fysieke inspectie vereisen, terwijl hypotheken met een lager risico of kredietnemers zullen worden beoordeeld via een AVM.