Geschat wordt dat ongeveer 30 miljoen jaar geleden de vroege Nijl, toen een veel kortere stroom, zijn bronnen had op ongeveer 18° tot 20° noorderbreedte. De hoofdstroom kan toen de huidige Atbara-rivier zijn geweest. In het zuiden lag het uitgestrekte ingesloten drainagesysteem met daarin het grote Suddmeer. Volgens één theorie over de evolutie van het Nijlsysteem ontwikkelde de Oostafrikaanse afwatering van het Victoriameer ongeveer 25.000 jaar geleden een uitmonding in het noorden, waardoor het water in het Suddmeer stroomde. Door de opeenhoping van sedimenten over een lange periode steeg het waterpeil van dit meer geleidelijk, en als gevolg van de overloop werd het meer drooggelegd en stroomde het naar het noorden over. Het overloopwater van het Sudd-meer, dat snel een rivierbedding vormde, verbond de twee grote delen van het Nijl-systeem en verenigde zo de afwatering van het Victoriameer tot aan de Middellandse Zee.
Het stroomgebied van de huidige Nijl valt van nature uiteen in zeven grote regio’s: het Plateau van het Oostafrikaanse Meer, het Al-Jabal (El-Jebel), de Witte Nijl, de Blauwe Nijl, de Atbara, de Nijl ten noorden van Khartoum in Soedan en Egypte, en de Nijldelta.
Het Plateau van het Oostafrikaanse Meer brengt een aantal hoofdstromen en meren voort die de Witte Nijl voeden. Men is het er algemeen over eens dat de Nijl meerdere bronnen heeft in plaats van één. De verste hoofdstroom kan worden beschouwd als de Kagera rivier, die ontspringt in de hooglanden van Burundi nabij de noordelijke punt van het Tanganyika meer en vervolgens uitmondt in het Victoria meer. De eigenlijke Nijl ontspringt echter in het Victoriameer, het op één na grootste zoetwatermeer ter wereld, dat een oppervlakte heeft van meer dan 26.800 vierkante mijl en een enorm maar ondiep meer vormt. De Nijl begint in de buurt van Jinja, Oeganda, aan de noordoever van het meer en stroomt noordwaarts over de Ripon Falls, die sinds de voltooiing van de Owen Falls Dam (nu de Nalubaale Dam) in 1954 onder water is komen te staan. Het noordelijke deel van de rivier, bekend als de Victoria Nijl, mondt uit in het ondiepe Kyoga-meer (Kioga) en stroomt, door de moerasvegetatie, uit in westelijke richting, afdalend in het Oostafrikaanse Rift-systeem over de Murchison (Kabalega) watervallen alvorens in het noordelijke uiteinde van het Albert-meer uit te monden. In tegenstelling tot Lake Victoria is Lake Albert een diep, smal meer met bergachtige zijden. Daar verenigt het water van de Victoria Nijl zich met het water van het meer en stroomt noordwaarts als de Albert Nijl – een wat breder en langzamer gedeelte van de rivier dat omzoomd is met moerassige begroeiing en bevaarbaar is voor stoomschepen.
De Nijl komt Zuid-Soedan binnen bij Nimule, en van daar tot Juba – een afstand van zo’n 120 mijl – wordt de Al-Jabal-rivier of Berg-Nijl genoemd. Dit deel van de rivier daalt af door smalle kloven en over een reeks stroomversnellingen, waaronder de Fula (Fola) stroomversnelling, en ontvangt extra water van korte zijrivieren op beide oevers; het is niet commercieel bevaarbaar. Onder Juba stroomt de rivier over een grote en zeer vlakke kleivlakte, die zich uitstrekt door een smalle vallei met aan weerszijden heuvelland, dat zo’n 1.200 tot 1.500 voet (370 tot 460 meter) boven de zeespiegel ligt, en door het midden waarvan de hoofdstroom stroomt. Aangezien de helling van de Nijl daar slechts 1:13.000 is, kan de grote hoeveelheid extra water die tijdens het regenseizoen binnenkomt, niet door de rivier worden opgevangen, met als gevolg dat tijdens die maanden bijna de gehele vlakte onder water komt te staan. Deze omstandigheid bevordert de groei van enorme hoeveelheden aquatische vegetatie – waaronder hoge grassen en sedges (met name papyrus) – die gezamenlijk sudd wordt genoemd, wat letterlijk “barrière” betekent, en de streek staat bekend als Al-Sudd. Deze grote massa’s vegetatie, waarvan de groei wordt verergerd door de zachte stroming van het water, breken af en drijven stroomafwaarts, waardoor de hoofdstroom wordt verstikt en de bevaarbare kanalen worden geblokkeerd. De kanalen zijn sinds de jaren 1950 nog verder verstopt geraakt door de snelle verspreiding van de Zuid-Amerikaanse waterhyacint.
Dit stroomgebied ontvangt afwatering van talrijke andere stromen. De rivier Al-Ghazāl (Gazelle) stroomt vanuit het westen van Zuid-Soedan en voegt zich bij de Al-Jabal bij Lake No, een grote lagune waar de hoofdstroom in oostelijke richting stroomt. Het water van de Al-Ghazāl gaat grotendeels verloren door verdamping, en slechts een klein deel ervan bereikt ooit de Nijl. Een eindje boven Malakal komt de hoofdstroom samen met de Sobat (Baro in Ethiopië), en stroomafwaarts wordt de rivier de Witte Nijl genoemd. Het regime van de Sobat verschilt nogal van dat van de gestaag stromende Al-Jabal, met een maximum debiet tussen juli en december; het jaarlijkse debiet van de Sobat is ongeveer gelijk aan het water dat verloren gaat door verdamping in de Al-Sudd moerassen.
De Witte Nijl, ongeveer 500 mijl lang, levert ongeveer 15 procent van het totale volume dat stroomafwaarts in het Nasser-meer (in Soedan Lake Nubia genoemd) terechtkomt. Hij begint bij Malakal en mondt bij Khartoum uit in de Blauwe Nijl, zonder zijrivieren van betekenis. Over dit hele traject is de Witte Nijl een brede, rustige stroom, vaak met een smalle zoom van moerassen. De vallei is breed en ondiep, waardoor een aanzienlijk waterverlies optreedt, zowel door verdamping als door insijpeling.
De Blauwe Nijl stroomt van het hooggelegen Ethiopisch Plateau, waar hij in noordnoordwestelijke richting afdaalt van een hoogte van ongeveer 6.000 voet boven de zeespiegel. De bron zou een bron zijn, die door de Ethiopische orthodoxe kerk als heilig wordt beschouwd, van waaruit een kleine stroom, de Abay, naar het Tana-meer (T’ana) stroomt, een vrij ondiep meer met een oppervlakte van ongeveer 1.400 vierkante mijl. De Abay verlaat het Tanameer in zuidoostelijke richting, stroomt door een reeks stroomversnellingen en stort zich door een diepe kloof. Men schat dat het meer slechts ongeveer 7% van het totale debiet van de rivier levert, maar dit water is belangrijk omdat het slibvrij is. De rivier stroomt vervolgens westelijk en noordwestelijk door Soedan om zich bij Khartoem bij de Witte Nijl te voegen. Het grootste deel van haar loop, van het Tanameer tot de Soedanese vlakten, verloopt in een canyon die op sommige plaatsen 4.000 voet onder het algemene niveau van het plateau ligt. Al haar zijrivieren stromen ook in diepe ravijnen. Terwijl de Witte Nijl bij Khartoum een rivier is met een bijna constant volume, heeft de Blauwe Nijl een uitgesproken overstromingsseizoen (eind juli tot oktober), veroorzaakt door de zomermoessonregens boven het Ethiopisch Plateau en de snelle afvloeiing van de talrijke zijrivieren; historisch gezien was het deze vloedgolf die het meest bijdroeg tot de jaarlijkse overstromingen van de Nijl in Egypte.
Jialiang Gao (www.peace-on-earth.org)
De Atbara-rivier, de laatste zijrivier van de Nijl, mondt uit in de hoofdstroom, bijna 200 mijl ten noorden van Khartoem. Zij ontspringt in Ethiopië op een hoogte van 6.000 tot 10.000 voet boven de zeespiegel, niet ver van Gonder, ten noorden van het Tana-meer. De twee belangrijkste zijrivieren die de Atbara voeden zijn de Angereb (Arabisch: Baḥr Al-Salam) en de Tekezē (Amhaars: “Verschrikkelijk”; Arabisch: Nahr Satīt). De Tekezē is de belangrijkste van deze, met een bekken dat meer dan twee keer zo groot is als de Atbara zelf. Hij ontspringt tussen de hoge toppen van de Ethiopische hooglanden en stroomt noordwaarts door een spectaculaire kloof om zich bij de Atbara in Soedan te voegen. Het grootste deel van haar loop in Soedan ligt de Atbara ver onder het algemene niveau van de vlakten. Tussen de vlakten en de rivier is de bodem geërodeerd en ingesneden door geulen die worden gevormd door water dat na regenval van de vlakten stroomt. De Atbara stijgt en daalt snel, net als de Blauwe Nijl. Bij vloed wordt het een grote, modderige rivier, in het droge seizoen is het een aaneenschakeling van poelen. De Atbara draagt meer dan 10 procent bij aan het totale jaarlijkse debiet van de Nijl, maar bijna al dit debiet komt in de periode van juli tot oktober.
Op het stuk van de Nijl ten noorden van Khartoum, dat ook wel de Verenigde Nijl wordt genoemd, kunnen twee delen worden onderscheiden. Het eerste deel, dat zich uitstrekt van Khartoem tot het Nassermeer, is ongeveer 830 mijl lang; daar stroomt de rivier door een woestijngebied waar de regenval te verwaarlozen is, hoewel langs de oevers enige irrigatie plaats vindt. Het tweede deel omvat het Nassermeer, dat het water bevat dat door de Aswan-hoogdam in Egypte wordt tegengehouden, en onder de dam het geïrrigeerde Nijldal en het deltagebied.
Achter Khartoum stroomt de Nijl 50 mijl noordwaarts tot aan Sablūkah (Sababka), de plaats van de zesde en hoogste cataract. Daar doorsnijdt de rivier de heuvels over een afstand van acht mijl. Bij Barbar stroomt de rivier in noordelijke richting en maakt een S-bocht, in het midden waarvan zij van Abū Ḥamad naar Kūrtī en Al-Dabbah (Debba) ongeveer 170 mijl in zuidwestelijke richting stroomt; de vierde cataract bevindt zich in het midden van dit traject. Aan het einde van deze bocht, bij Dongola, gaat zij weer in noordelijke richting, steekt de derde cataract over en stroomt in het Nassermeer.
Over de 800 mijl van de zesde cataract tot aan het Nassermeer, wisselt de rivierbedding af tussen rustige stukken en reeksen stroomversnellingen. Uitgestrekte kristallijne rotsen die de loop van de Nijl kruisen, veroorzaken de vijf beroemde cataracten. Vanwege deze cataracten is de rivier niet volledig bevaarbaar, hoewel gedeelten tussen de cataracten bevaarbaar zijn door zeilschepen en door rivierstoomboten.
Het Nassermeer, het op één na grootste door de mens aangelegde meer ter wereld, heeft een potentiële maximale oppervlakte van 2600 vierkante mijl; het overstroomt meer dan 300 mijl van de loop van de Nijl, inclusief de tweede cataract nabij de grens tussen Egypte en Soedan. Onmiddellijk onder de hoge dam bevindt zich het eerste cataract, dat ooit een gebied was met door rotsen bezaaide stroomversnellingen die de stroom van de rivier gedeeltelijk belemmerden. Van de eerste cataract tot Caïro – een afstand van ongeveer 500 mijl – stroomt de Nijl noordwaarts in een betrekkelijk smalle groef met vlakke bodem, kronkelig in omtrek en over het algemeen ingesneden in het onderliggende kalksteenplateau, dat gemiddeld 10 tot 14 mijl breed is en wordt omsloten door schuine wanden die op sommige plaatsen tot hoogten van 1.500 voet boven het rivierpeil uitsteken. Gedurende de laatste 200 mijl van zijn loop voor het bereiken van Caïro, vertoont de Nijl een sterke neiging om de oostelijke rand van de valleibodem te omhelzen, zodat het grootste deel van het gecultiveerde land op de linkeroever te vinden is.
Noordelijk van Caïro komt de Nijl in het deltagebied, een vlak driehoekig laagland. In de 1e eeuw na Chr. schreef de Griekse geograaf Strabo dat de Nijl uitwaaiert in zeven delta-afvoerkanalen. Sedertdien is de stroom gecontroleerd en omgeleid, zodat de rivier thans door de delta naar zee stroomt via twee hoofdvertakkingen, de Rosetta- en de Damietta (Dumyāṭ)-takken.
De Nijldelta, het prototype van alle delta’s, bestaat uit een opgevulde golf van de prehistorische Middellandse Zee; zij is samengesteld uit slib dat hoofdzakelijk van het Ethiopisch Plateau is aangevoerd. De dikte van het slib varieert van 50 tot 75 voet en het is de vruchtbaarste grond van Afrika. Het vormt een monotone vlakte die zich 100 mijl uitstrekt van noord naar zuid, met een grootste oost-west uitgestrektheid van 155 mijl tussen Alexandrië en Port Said; in totaal beslaat het een oppervlakte tweemaal die van de Nijlvallei in Opper-Egypte. Het landoppervlak helt zachtjes af naar de zee, vanaf Caïro ongeveer 52 voet in een zachte helling. In het noorden, aan de zeezijde, bevinden zich een aantal ondiepe brakke lagunes en zoutmoerassen: Meer van Marout (Buḥayrat Maryūṭ), Meer van Edku (Buḥayrat Idkū), Meer van Burullus (Buḥayrat Al-Burullus), en Meer van Manzala (Buḥayrat Al-Manzilah).