Hoewel veel berggebieden en sommige laaglanden nog steeds zwaar bebost zijn, krimpen de bossen in het land al tientallen jaren snel. Tussen het midden van de 20e eeuw en het begin van de 21e eeuw is het bosareaal met meer dan de helft verminderd – grotendeels als gevolg van houtkap, mijnbouw en landbouwactiviteiten – en beslaat nu minder dan een kwart van het totale landoppervlak van het land. Waar in het noorden van Luzon nog bossen over zijn, is de voornaamste bergboom de den. In andere gebieden overheerst vaak lauan (Filippijnse mahonie).
John Lewis Stage/Foto-onderzoekers
De vegetatie van de Filippijnen is grotendeels inheems en lijkt grotendeels op die van Maleisië; de planten en bomen van de kustgebieden, met inbegrip van de mangrovemoerassen, zijn vrijwel identiek aan die van soortgelijke regio’s in de gehele Maleise Archipel. Himalaya-elementen komen voor in de bergen van Noord-Luzon, terwijl op verschillende hoogten enkele Australische soorten worden aangetroffen. De eilanden herbergen duizenden soorten bloeiende planten en varens, waaronder honderden soorten orchideeën, waarvan sommige uiterst zeldzaam zijn. Hoge, grove grassen zoals de cogon (geslacht Imperata) zijn ontstaan op veel plaatsen waar de bossen zijn weggebrand.
De Filippijnen worden bewoond door meer dan 200 soorten zoogdieren, waaronder waterbuffels (carabao’s), geiten, paarden, varkens, katten, honden, apen, eekhoorns, maki’s, muizen, pangolins (geschubde miereneters), chevrotains (muizenherten), mangoesten, civetkatten, en rode en bruine herten, onder anderen. De tamarau (Anoa mindorensis), een soort kleine waterbuffel, komt alleen op Mindoro voor. Van de meer dan 50 soorten vleermuizen zijn er vele eigen aan de Filippijnen. Fossiele resten tonen aan dat er ooit olifanten op de eilanden leefden.
© yobidaba/Fotolia
Honderden vogelsoorten leven op de Filipijnen, het hele jaar door of een deel van het jaar. Tot de belangrijkste vogelsoorten behoren oerwoudhoenders, duiven, pauwen, fazanten, duiven, papegaaien, neushoornvogels, ijsvogels, zonnevogels, kleermakers, wevervogels, reigers en kwartels. Veel soorten zijn endemisch op het eiland Palawan. De bedreigde Filippijnse adelaar (Pithecophaga jefferyi) is voornamelijk beperkt tot geïsoleerde gebieden op Mindanao en in de Sierra Madre op Luzon.
De zeeën rond de eilanden en de meren, rivieren, estuaria en vijvers in het binnenland worden bewoond door niet minder dan 2.000 vissoorten. De Tubbataha riffen in de Suluzee werden in 1993 door UNESCO uitgeroepen tot werelderfgoed, als erkenning voor hun overvloed en diversiteit aan zeeleven; in 2009 werden de grenzen van het werelderfgoed uitgebreid tot drie keer de oorspronkelijke omvang. De melkvis, een populaire voedselvis en de nationale vis van de Filippijnen, is overvloedig aanwezig in brakke en mariene wateren. Zeepaardjes komen veel voor in de riffen van de Visayan-eilanden.
Een aantal soorten zeeschildpadden, waaronder de lederschildpad, is beschermd, net als de Filippijnse krokodil en de zoutwaterkrokodil. De eilanden herbergen een grote verscheidenheid aan reptielen en amfibieën. Varanen (Varanus salvator) van verschillende soorten worden gewaardeerd om hun huiden. Skinks, gekko’s en slangen zijn er in overvloed, en meer dan 100 soorten zijn endemisch in de Filippijnen. Het land herbergt ook vele soorten kikkers, waaronder verschillende vliegende soorten; de meeste zijn endemisch voor de eilanden.