Het bestaan van een factiesysteem kan ernstige negatieve gevolgen hebben voor een politieke organisatie. Als de factiestrijd intensief en openbaar wordt, kan de organisatie de indruk krijgen dat er verdeeldheid heerst. Nog een stap verder, als het conflict bijzonder ernstig is, kan het breuken veroorzaken binnen de organisatie die de effectiviteit ernstig belemmeren, wat kan leiden tot het uiteenvallen of instorten van de organisatie.
Om schade aan de organisatie te voorkomen, worden factie-operaties gewoonlijk uitgevoerd onder strikte geheimhouding en met minimale publieke controle. Dit kan echter leiden tot de verspreiding van onethisch gedrag. Strijd tussen de facties kan leiden tot tactieken zoals het vullen van stembussen, stapelen, ledenfraude en ander algemeen frauduleus gedrag. Personen die een factie verlaten, kunnen het slachtoffer worden van intense persoonlijke vendetta’s waarbij hun voormalige kameraden hun carrière gaan saboteren. Een klimaat van hevige factieconflicten kan individuen ook motiveren om zich te concentreren op het aanvallen van hun factievijanden in plaats van op het bevorderen van de organisatie in bredere zin.
Ondanks dit alles worden de voordelen van factiesystemen vaak over het hoofd gezien. Voor buitenstaanders is het vaak onbegrijpelijk waarom leden van een bredere organisatie partijvorming zouden aangaan. Dit komt voort uit de veronderstelling dat de natuurlijke factierelatie er een is van conflict en strijd, terwijl facties in feite vaak in staat zijn om productief samen te werken.
In elke politieke organisatie zijn er waarschijnlijk veel mensen met een uitgesproken mening en passie. Het bestaan van een factiesysteem maakt de werking ervan voorspelbaarder en stabieler. Compromissen en geven en nemen tussen facties stellen de organisatie in staat te functioneren zonder te hoeven voldoen aan de grillen van veel verschillende, compromisloze individuen die anders een splitsing zouden kunnen veroorzaken. Dus, enigszins contra-intuïtief, kan factievorming juist de harmonie binnen de organisatie bevorderen.
Facties helpen ook om de aantrekkingskracht van de organisatie te verbreden en te diversifiëren. Iemand die de doelstellingen van de organisatie anders onaantrekkelijk zou vinden, kan worden overgehaald om een factie binnen de organisatie te steunen waarvan de doelstellingen dichter bij de zijne liggen. Net zoals een democratische regering vaak wordt gesterkt door een sterke oppositie, kan een aantal verschillende standpunten binnen een organisatie haar energie geven en haar in staat stellen haar rol doeltreffender te vervullen. Het is ook hoogst onwaarschijnlijk dat een politieke organisatie van enige omvang volledig verenigd is in haar doelstellingen, dus waarschijnlijk zijn facties gewoon een manier om met reeds bestaande verschillen binnen de organisatie om te gaan.
De grondleggers van de Amerikaanse grondwet waarschuwden expliciet voor de gevaren van partijgebondenheid. Madison, Hamilton en Washington spraken de overtuiging uit dat facties verdeeldheid zouden zaaien die uiteindelijk de regering zou ontmantelen. Deze opvattingen zijn terug te vinden in The Federalist Papers, met name in Federalist 10 en 51, geschreven door Madison.