Het St. Elias-gebergte vormt het hoogste kustgebergte op aarde. Het is ontstaan door de subductie van de Yakutat microplaat onder de Noord-Amerikaanse Plaat. De Yakutat microplaat is een wigvormig oceanisch plateau met een dikte van 20 tot 30 kilometer (12 tot 19 mi). Net als de aangrenzende Pacifische plaat, die een dikte van 7 kilometer heeft, beweegt de Yakutat-plaat zich noordwestwaarts met een snelheid van 50 millimeter (2 in) per jaar ten opzichte van Noord-Amerika. De Yakutat-plaat wordt noordwaarts getransporteerd langs de actieve Fairweather Fault, die waarschijnlijk meer dan 35 miljoen jaar geleden is begonnen. Door zijn dikte heeft de Yakutat-plaat een opwaartse druk op het oppervlak van de overheersende Noord-Amerikaanse plaat, waardoor de Talkeetna Mountains en de Alaska Range in Zuid-Centraal Alaska werden gevormd, die zich boven het subductiegedeelte van de Yakutat-plaat bevinden.
Het St. Eliasgebergte is gevormd op de plaatgrens tussen de Yakutat- en de Noord-Amerikaanse platen. De tot 12 kilometer dikke sedimenten die bovenop de Yakutat-plaat zijn afgezet, raakten verstrengeld en vervormden toen ze werden afgeschraapt en vormen nu de zuidelijke (kust)flanken van het St. De hoogste toppen van de St. Elias Mountains bevinden zich in het hoge ijsveldgebied van het Kluane National Park (Mount Logan, Mount Vancouver) en ten noorden van de Malaspina Glacier (Mount Saint Elias, Mount Cook), in het gebied dat bekend staat als de St. Elias syntaxis. In het gebied van de syntaxis verandert de tektonische stijl van strek-slipbeweging langs de Fairweather Fault in botsing ten westen van Straat Malaspina. Deze tektonische overgang concentreert spanningen in de korst bij de syntaxis die samen met efficiënte glaciale erosie resulteren in positieve terugkoppelingsprocessen die na verloop van tijd extreem hoge bergtoppen en plaatselijk reliëf vormen, en snelle exhumatie van gesteenten tot op 10 km diepte naar de oppervlakte.