Blackett Family DNA Activity 2
Wat is een Short Tandem Repeat Polymorphism (STR)?
Het grootste deel van ons DNA is identiek aan het DNA van anderen. Er zijn echter erfelijke delen van ons DNA die van persoon tot persoon kunnen verschillen. Variaties in de DNA-sequentie tussen individuen worden “polymorfismen” genoemd. 
Zoals we in deze activiteit zullen ontdekken, zijn sequenties met de hoogste graad van polymorfisme zeer nuttig voor DNA-analyse in forensische zaken en vaderschapstests. Deze activiteit is gebaseerd op het analyseren van de overerving van een klasse DNA-polymorfismen die bekend staan als “Short Tandem Repeats”, of kortweg STR’s.
STR’s zijn korte DNA-sequenties, gewoonlijk met een lengte van 2-5 basenparen, die talloze malen worden herhaald op een kop-staart manier, d.w.z. de 16 bp sequentie van “gatagatagata” zou 4 kop-staart kopieën van het tetrameer “gata” vertegenwoordigen. De polymorfismen in STR’s zijn het gevolg van het verschillende aantal kopieën van het herhaalelement dat in een populatie van individuen kan voorkomen.
D7S280
D7S280 is een van de 13 core CODIS STR genetische loci. Dit DNA wordt gevonden op menselijk chromosoom 7. De DNA-sequentie van een representatief allel van deze locus is hieronder weergegeven. Deze sequentie is afkomstig uit GenBank, een openbare DNA-databank. De tetramerische herhaalde sequentie van D7S280 is “gata”. Verschillende allelen van deze locus hebben tussen de 6 en 15 tandem herhalingen van de “gata” sequentie. Hoeveel tetramerische herhalingen zijn er in de hieronder getoonde DNA-sequentie? Merk op dat een van de tetramerische sequenties “gaca” is, in plaats van “gata”.
1 aatttttgta ttttttttag agacggggtt tcaccatgtt ggtcaggctg actatggagt 61 tattttaagg ttaatatata taaagggtat gatagaacac ttgtcatagt ttagaacgaa121 ctaacgatag atagatagat agatagatag atagatagat agatagatag atagacagat181 tgatagtttt tttttatctc actaaatagt ctatagtaaa catttaatta ccaatatttg241 gtgcaattct gtcaatgagg ataaatgtgg aatcgttata attcttaaga atatatattc301 cctctgagtt tttgatacct cagattttaa ggcc
Inleiding: Overview | STR P | CODIS | Analysis | Inheritance | Frequency Calc.
Activiteiten : Stamboom | Gegevens verzamelen | Vaderschapstest | Vermiste persoon | RCMP freq. calc.
