Przodkowie Indian Otoe-Missouria byli ludem Siouan z rodziny językowej Chiwere. Wraz z Iowa i Winnebago tworzyli kiedyś jedno plemię północnych Wielkich Jezior. Otoe, Missouria i Iowa wyemigrowały na zachód-południowy zachód w XVI wieku i podzieliły się. Pod koniec XVII wieku Otoe osiedlili się wzdłuż obecnej granicy Minnesoty i Iowa, a Missouria zamieszkali w pobliżu zbiegu rzek Missouri i Grand w Missouri. Kontakt między Otoe i Europejczyków po raz pierwszy wystąpił w 1680.
The Otoe następnie przekroczył rzekę Missouri i osiedlili się w pobliżu rzeki Platte w południowo-wschodniej Nebraska. Pozostali w tej okolicy aż do momentu przeniesienia na Terytorium Indiańskie (obecna Oklahoma) w latach 1880-81. Tymczasem Missouria, spustoszeni przez ospę, wojny z Sac and Fox i innymi wrogami, stanęli w obliczu wyginięcia. Około 1796 około osiemdziesiąt Missouria osiedlili się wśród Otoe, a pozostałe kilka dołączył Osage i Kaw.
The Otoe-Missouria mieszkał w osiadłych wiosek ziemnych lodge (tipi i kory lodge były również wykorzystywane). Ich społeczeństwo było patrylinearne, z członkami podzielonymi na siedem do dziesięciu egzogamicznych klanów. Wodzowie klanów tworzyli radę plemienną, z klanem Niedźwiedzia zapewniającym główne przywództwo. Otoe-Missouria polowali na bizony, zbierali rośliny, uprawiali kukurydzę, fasolę, dynie i kabaczki. Wierzyli w Wakandzie, uniwersalnego ducha. Ich populacja była szacowana na piętnaście setek w 1830 roku i 358 w 1890.
The Otoe-Missouria po raz pierwszy scedował ziemię do Stanów Zjednoczonych w 1830 roku. Dodatkowe cesje nastąpiły w 1833, 1836 i 1854 roku. W 1854 r. otrzymali rezerwację wzdłuż rzeki Big Blue na granicy Kansas i Nebraski. W latach 70-tych XIX wieku plemię podzieliły frakcje dotyczące kwestii akulturacji. Postępowi członkowie byli pod wpływem swoich kwakierskich agentów i opowiadali się za asymilacją. Znany jako zespół Quaker, były one przeciwstawiane przez bardziej tradycyjnych Coyote band.
Congress zatwierdził sprzedaż 120.000 akrów Big Blue Reservation w 1876 roku, z resztą sprzedawane w 1881 roku. Usuwanie Otoe-Missouria do Indian Territory rozpoczęło się na początku 1880 roku, kiedy to członkowie zespołu Coyote przenieśli się do rezerwatu Sac and Fox. Jesienią 1881 roku 234 członków grupy Quaker przybyło do nowego rezerwatu o powierzchni 129 113 akrów w obecnych hrabstwach Noble i Pawnee. Zespół Coyote ostatecznie dołączył do nich.
Mimo oporu plemion, rezerwacja Otoe-Missouria została przydzielona na początku lat 90-tych XIX wieku. Do 1907 roku 514 osób otrzymało przydziały. Wielu członków plemienia opuściło te tereny w czasie Wielkiego Kryzysu i II Wojny Światowej. W 1964 i 1967 roku Komisja Roszczeń Indiańskich zrekompensowała Otoe-Missouria za ziemie scedowane w XIX wieku.
Konstytucja plemienia Indian Otoe-Missouria została ratyfikowana w 1984 roku zgodnie z ustawą o dobrobycie Indian w Oklahomie z 1936 roku. Rządzone przez siedmioosobową radę, plemię ma siedzibę w Red Rock i liczyło 1,449 mieszkańców w 2004 roku. Przedsiębiorstwa plemienne obejmują Seven Clans Paradise Casino w pobliżu Red Rock. Plemię oferuje swoim członkom różne usługi, w tym programy mieszkaniowe, zdrowotne i edukacyjne. Coroczne Otoe-Missouria encampment odbywa się w lipcu. Inne ceremonie i spotkania towarzyskie są prowadzone w Otoe-Missouria Centrum Kultury.