DISCUSSION
Neste estudo, aplicámos critérios laboratoriais específicos do local e realizámos revisões de fichas para determinar a significância clínica de isolados suspeitos de bactérias comensais cultivadas a partir de amostras de pacientes. A identificação de um agente patogénico conhecido numa amostra clínica justifica um relatório ao clínico que identifica claramente o organismo, e isto, por sua vez, ajuda a orientar as decisões de tratamento e os cuidados com o doente (10). Contudo, o microbiologista clínico é frequentemente confrontado com cenários mais difíceis, tais como o que relatar aos clínicos quando o isolado bacteriano suspeito é um constituinte da flora indígena com dados limitados para apoiar o seu papel patogénico. A maioria destes organismos não está associada à infecção; contudo, a distinção entre um comensal e um patogénico reside num continuum em grande parte determinado pelo estatuto imunitário do hospedeiro e pelo acesso a condições de crescimento adequadas (2). Este pêndulo é cada vez mais deslocado para a patogénese em doentes com intervenções iatrogénicas, miríades de comorbilidades, e imunodeficiência secundária (2). São necessários mais estudos para identificar espécies bacterianas raras associadas à infecção em locais específicos. O não reconhecimento do significado destes agentes patogénicos raros tem um impacto negativo nos cuidados aos doentes. Por exemplo, até há pouco tempo, o isolamento de C. kroppenstedtii de feridas mamárias era universalmente relatado aos clínicos como um “difteróide”. Naturalmente, um relatório de difteróides indicava “flora normal” e aliviava a preocupação do clínico tratante com a infecção. Isto levou frequentemente à utilização de esteróides para amortecer a inflamação e a um atraso nos antibióticos apropriados para tratar a mastite de C. kroppenstedtii, resultando numa doença pior (11, 12).
MALDI-TOF MS revolucionou muitos aspectos da microbiologia clínica, incluindo a identificação de rotina a nível de espécies de isolados de difteróides suspeitos e o estabelecimento de conjuntos de dados para investigação clínica (13, 14). O presente estudo foi realizado para identificar o papel dos difteróides como potenciais agentes patogénicos, e embora demonstremos que 82% dos isolados suspeitos de difteróides não preenchiam os critérios para uma infecção verdadeira, os restantes 18% eram clinicamente significativos, o que justificava a notificação a nível de espécies aos clínicos. As nossas conclusões são consistentes com um relatório recente de difteróides no sangue identificando 56% dos isolados como contaminantes potenciais (13). Para identificar rotineiramente potenciais agentes patogénicos, recomendamos que todos os isolados semelhantes a difteróides que são predominantes ou puros em cultura sejam identificados ao nível da espécie através da sequenciação MALDI-TOF MS ou 16S rRNA. Os dados da coloração directa de Gram devem ser examinados no momento da leitura da placa para ajustar a suspeita de infecção pré-determinada. Por exemplo, uma coloração directa de Gram mostrando bastonetes Gram-positivos pleomórficos abundantes como a morfologia predominante ou isolada deve levantar a suspeita de um possível papel na infecção e diminuir o limiar de selecção de isolados na fronteira da abundância para identificação a nível de espécie. A identificação a nível da espécie pode então ser utilizada para determinar se um isolado de um determinado local de cultura deve ser comunicado aos clínicos ao nível da espécie ou como um difteróide. Como recentemente demonstrado por Patel et al., a notificação de isolados de difteróides ao nível da espécie influencia as decisões de tratamento (13), e é imperativo que o termo “difteróide” seja reservado apenas para descrever a flora comensal benigna isolada de locais em que não se sabe se o organismo causa infecção. Em resumo, os difteróides clinicamente relevantes do nosso conjunto de dados que justificam a notificação ao clínico, a nível de espécie, após avaliação da relevância clínica utilizando espécimes de feridas, incluem todas as espécies de Actinomyces, C. kroppenstedtii, C. jeikeium, C. striatum, C. tuberculostearicum, P. acnes, e P. avidum. Entre os isolados de sangue que merecem ser relatados a nível de espécie incluem-se A. schaalii, C. jeikeium, C. striatum, e D. hominis. Isolados de espécimes de urina que merecem ser relatados incluem A. neuii, C. aurimucosum, C. coyleae, C. simulans, C. striatum, e C. urealyticum. Recomendamos a comunicação da detecção de C. striatum e P. acnes isolados de todos os espécimes de shunt CSF ou de espécimes de CSF não shunt quando organismos e/ou neutrófilos são detectados na coloração directa de Gram do CSF. Também recomendamos a notificação de isolados de P. acnes do olho e de locais estéreis, bem como de C. striatum e M. testaceum isolados de locais estéreis quando são detectados organismos e/ou aumento do número de neutrófilos na coloração directa de Gram.
p>Embora tenhamos identificado muitas espécies de difteróides clinicamente significativas, também fornecemos dados sobre isolados não associados a uma infecção verdadeira, apesar da suspeita a priori de um possível envolvimento na infecção. Estes dados devem ser interpretados com precaução, uma vez que estudos futuros podem identificar estes organismos como causas raras de tipos específicos de infecções, e as políticas de notificação laboratorial exigem uma reavaliação contínua da literatura para identificar e relatar com precisão novas associações de doenças. Assim, recomendamos que os isolados suspeitos identificados como espécies não patogénicas sejam notificados aos clínicos como difteróides, desde que sejam efectuadas revisões de rotina da literatura para excluir potenciais agentes patogénicos da lista de entidades benignas.
MALDI-TOF MS foi capaz de identificar a grande maioria dos isolados suspeitos ao nível das espécies, incluindo 296 espécies de Corynebacterium. No entanto, 105 isolados não foram identificados ao nível das espécies, o que resultou em identificações divididas de espécies dentro do género Corynebacterium. Destes, 95 foram identificações divididas a 50% para C. amycolatum e C. xerosis. A C. xerosis é rara em espécimes clínicos; contudo, o C. amycolatum é comum, e assim, a maioria destes isolados eram provavelmente C. amycolatum (2). C. amycolatum é um agente patogénico dos tecidos moles, sangue, sítios estéreis, e do tracto urinário e é frequentemente multirresistente (MDR) (2, 15). A não identificação precisa destes organismos é uma limitação significativa do presente estudo, e as futuras actualizações da base de dados do espectro proteico da bioMérieux devem concentrar-se na resolução destas ambiguidades. Em contraste, o sistema Bruker identificou com precisão os isolados de C. amycolatum do sangue, a maioria dos quais foram considerados significativos pelo tratamento de clínicos (13). Entretanto, se MALDI-TOF MS não identificar um isolado de difteróide com suficiente suspeita a priori de um papel na infecção, recomendamos 16S rRNA sequenciação ou identificação através do sistema de identificação bioquímica Apycoryne (4, 16).
C. striatum constituiu 20% de todos os isolados e foi clinicamente significativo em todos os locais, excluindo o olho. Estes resultados são consistentes com o C. striatum como um patogénico emergente em múltiplos locais e um colonizador de dispositivos médicos residentes (17). Foram também relatados surtos de resistência a múltiplas drogas e nosocomiais (18-21). Apesar de poucos relatos deste organismo causador de IU (22), 36% dos isolados de C. striatum suspeitos de infecção urinária satisfaziam critérios de infecção verdadeira. Metade destes isolados vieram de doentes com cateteres residentes ou tubos de nefrostomia, sugerindo um papel para a formação de biofilme de C. striatum (18). Assim, os dados da literatura e do nosso conjunto de dados apoiam a recomendação de que todos os isolados de C. striatum com suspeita a priori de um papel na infecção sejam comunicados ao nível da espécie, independentemente do local.
Os nossos dados também identificaram vários isolados de Corynebacterium clinicamente significativos de culturas de urina: C. urealyticum, C. aurimucosum, C. coyleae, e C. simulans. Os nossos dados e dados na literatura apoiam a identificação de C. urealyticum e C. aurimucosum isolados ao nível da espécie. O C. urealyticum é uma causa conhecida de IU crónicas em doentes com doenças geniturinárias, idade avançada e imunossupressão (4, 23). O C. aurimucosum causa bacteremia e está associado a abortos espontâneos (2). Também pode ser isolado de sítios urogenitais, mas apenas relatos de casos o identificaram como um patogénico do tracto urinário (24). Neste estudo, identificámos 3 dos 14 isolados clinicamente significativos de C. aurimucosum na urina. Todos os doentes tinham sintomas de IU leves a moderados, e 2/3 doentes eram >80 anos de idade com antecedentes de IU crónicas recorrentes e com isolamento prévio de agentes patogénicos conhecidos. A resistência aos antibióticos mediada por C. aurimucosum pode favorecer o crescimento de C. aurimucosum no estabelecimento de tratamento antibiótico prévio (4). A resistência à penicilina também é comum; contudo, a MDR não foi descrita, e isolados raros sintetizam um pigmento antioxidante negro-cinzento com um papel suspeito na virulência (4, 25). Em contraste, C. coyleae e C. simulans só devem ser relatados caso a caso, uma vez que os dados da literatura actual não apoiam um papel para estes organismos nas IU, e o baixo número de isolados no nosso conjunto de dados não suporta conclusões definitivas.
Existem 5 espécies de Corynebacterium lipofílica relevantes clinicamente, incluindo C. tuberculostearicum, C. jeikeium, C. urealyticum, e C. kroppenstedtii nas feridas e C. macginleyi na conjuntiva (2). Os nossos dados e dados na literatura apoiam a notificação destes patogénios dos tecidos moles quando são isolados das feridas, e os dados na literatura apoiam a notificação de C. macginleyi quando é isolada da conjuntiva (26). Sabe-se que a C. tuberculostearicum infecta múltiplos locais, incluindo tecido mamário rico em lípidos, e a C. jeikeium causa bacteremia e infecções de feridas (2, 12). Neste estudo, ambas as espécies foram associadas a úlceras diabéticas. C. kroppenstedtii é agora uma causa reconhecida de mastite infecciosa, e os nossos dados mostram que 100% dos isolados da mama eram significativos (12). Todas as 5 biópsias disponíveis destas pacientes eram consistentes com um padrão histopatológico único, denominado mastite granulomatosa neutrofílica cística, na qual as bactérias ocupam grandes espaços císticos num fundo de inflamação granulomatosa com infiltrados neutrofílicos variáveis (27). C. kroppenstedtii mastitis apresenta-se como uma lesão inflamatória crónica da mama que imita uma doença auto-imune e um cancro mamário inflamatório que desencadeia uma biópsia (27). No entanto, falta a consciência desta entidade histopatológica, e é imperativo que os microbiologistas clínicos trabalhem para educar os seus colegas e residentes sobre novas associações de doenças, tais como a mastite de C. kroppenstedtii, com resultados histopatológicos característicos (27). De acordo com dados de vários relatórios recentes, 7 dos 9 pacientes do nosso estudo eram de ascendência hispânica (11, 12, 28-33). Esta associação pode ser devida à multiparidade, amamentação, baixo estatuto socioeconómico, ou nascimento fora dos Estados Unidos com variação geográfica da flora cutânea (1).
D. hominis e M. testaceum causam infecções de feridas e bacteremia, e as espécies Trueperella estão associadas a abcessos anaeróbios mistos (2, 4, 34). Os nossos dados são consistentes com os dados comunicados na literatura, e assumindo a priori suspeita suficiente de um envolvimento na infecção, recomendamos a identificação destes organismos a nível de espécie para tratar clínicos.
P. acnes é uma causa de acne vulgaris, bacteremia, endocardite, infecções de feridas, osteomielite, e ceratite (6, 35), e a formação de biofilme resulta na colonização de dispositivos médicos (6, 36). Os nossos dados mostram que P. acnes foi a espécie mais frequentemente isolada, constituindo 33% de todos os isolados, com um envolvimento de todos os tipos de cultura excepto a urina, provavelmente devido ao tempo de incubação abreviado destas culturas. Foram também identificados isolados clinicamente significativos em amostras de feridas, LCR, amostras oftálmicas e locais estéreis. Notavelmente, não foram identificados isolados significativos no sangue. Curiosamente, a formação de biofilme foi provavelmente essencial para a infecção por P. acnes do LCR em 2/2 pacientes com shunts ventriculares, uma articulação nativa num paciente com envolvimento prévio de Staphylococcus, e um portador de lentes de contacto que se apresentava com ceratite. Ao contrário de muitos organismos da classificação de difteróides, o P. acnes é bem conhecido pelos clínicos como um organismo comensal com baixo potencial patogénico capaz de infecções insidiosas no local certo (6). Estes cenários infecciosos que promovem a patogenicidade do P. acnes, tais como hardware espinal num paciente com culturas positivas de feridas, nem sempre são facilmente visíveis para o laboratório durante o trabalho de isolados. Por conseguinte, recomendamos que todos os isolados suspeitos de P. acnes de qualquer sítio sejam comunicados com o nome da espécie, para que os clínicos possam determinar o seu significado. P. avidum causa lesões cutâneas superficiais semelhantes e também deve ser identificado ao nível da espécie quando é isolado de espécimes de feridas.
Muitas espécies de Actinomyces anaeróbias Gram-positivas são organismos comensais que são frequentemente isolados de amostras clínicas em associação com outras bactérias (1, 5). Estas infecções polimicrobianas complicam a interpretação da coloração de Gram e da cultura; contudo, quando isoladas com uma suspeita a priori de um papel na infecção de amostras de feridas, recomendamos a identificação de todas as Actinomyces isoladas ao nível da espécie. De acordo com os dados constantes na literatura, os nossos dados identificaram infecções clinicamente significativas de feridas por A. europaeus, A. meyeri, A. neuii, A. odontolyticus, A. radingae, e A. turicensis (5). A. neuii isolados foram clinicamente significativos nas infecções do tracto urinário, e A. viscosus foi associado a uma infecção verdadeira numa única amostra do olho. Ao contrário de outras espécies de Actinomyces, A. neuii é uma pequena vara sem ramificações, frequentemente mal identificada como uma espécie Corynebacterium (4, 5). Uma melhor detecção de A. neuii via MALDI-TOF MS levou ao recente reconhecimento deste organismo como um agente patogénico dos tecidos moles (5, 37). No entanto, poucas ou nenhumas infecções do tracto urinário estão documentadas na literatura. Mostramos que A. neuii era a única espécie de Actinomyces isolada da urina e que 3/14 isolados eram clinicamente significativos e associados a pedras e cateterização causando sintomas leves a moderados de ITU. Existem 2 subespécies de A. neuii, A. neuii subsp. neuii e A. neui subsp. anitratus (38). A. neuii subsp. anitratus recebe o seu nome pela sua incapacidade de reduzir o nitrato (38). Em contraste, A. neuii subsp. neuii é um redutor de nitrato, e os resultados da análise urinária mista são consistentes com o facto de ambas as subespécies serem agentes patogénicos do tracto urinário. Por conseguinte, recomendamos adicionalmente a identificação de A. neuii isolados suspeitos de urina ao nível da espécie. A notificação da subespécie pode revelar-se clinicamente útil no futuro.
Actinotignum schaalii, anteriormente Actinobaculum schaalii, está estreitamente relacionado filogenicamente com os Actinomycetes e é um uropatogénio emergente em doentes >60 anos de idade com condições médicas subjacentes que causam urosepsis e infecções de feridas (4, 5). As nossas descobertas de isolados de A. schaalii clinicamente significativos do sangue são consistentes com os dados da literatura, e recomendamos a identificação dos isolados de A. schaalii ao nível da espécie, especialmente quando detectados em sangue ou urina (9, 39).
Em resumo, os avanços tecnológicos como MALDI-TOF MS estão a permitir a identificação de rotina ao nível da espécie de muitas bactérias no laboratório de microbiologia clínica, e a identificação precisa é essencial para estudar o papel destes organismos nas infecções humanas (14). Cada vez mais, as bactérias comensais são identificadas como sendo clinicamente significativas em tipos específicos de infecções, e os laboratórios devem actualizar continuamente os algoritmos de notificação para excluir potenciais patogénicos da classificação de difteróides (2, 13). medida que a população envelhece, com um aumento do número de hospedeiros imunossuprimidos, espera-se que o número de infecções causadas por estes agentes patogénicos oportunistas residentes no nosso microbioma aumente em conformidade (2). Assim, é essencial que o microbiologista clínico aborde os difteróides caso a caso com identificação e notificação a nível da espécie, se os parâmetros microbiológicos e clínicos associados levantarem suspeitas de infecção verdadeira.