A existência de um sistema de facção pode ter graves consequências negativas para uma organização política. Se os conflitos entre facções se tornarem intensos e públicos, a organização pode sofrer de percepções de desunião. Dando mais um passo, se o conflito for particularmente grave, pode causar rupturas dentro da organização que impedem seriamente a sua eficácia, levando à ruptura ou colapso da organização.
Para evitar danos à organização, as operações das facções são geralmente conduzidas sob forte sigilo e com um escrutínio público mínimo. Isto, contudo, pode levar à proliferação de comportamentos pouco éticos. A guerra entre as facções pode levar a tácticas como o enchimento de urnas, o empilhamento, a fraude de membros, e outras condutas geralmente fraudulentas. Os indivíduos que abandonam uma facção podem estar sujeitos a vinganças pessoais intensas, onde os seus antigos camaradas vão sabotando as suas carreiras. Um clima de intenso conflito entre facções pode também motivar os indivíduos a concentrarem-se no ataque aos seus inimigos de facção em vez de promoverem a organização mais ampla.
Apesar disto, os benefícios dos sistemas de facção são frequentemente ignorados. É muitas vezes incompreensível para os forasteiros porque é que os membros de uma organização mais vasta se envolveriam no facciosismo. Isto deriva do pressuposto de que a relação natural entre facções é uma relação de conflito e conflito, quando na realidade, as facções são frequentemente capazes de se envolverem numa cooperação produtiva.
Em qualquer organização política é provável que haja muitas pessoas altamente opinantes e apaixonadas. A existência de um sistema de facção permite que as suas operações sejam mais previsíveis e estáveis. O compromisso e o dar e receber entre facções permite que a organização funcione sem ter de satisfazer os caprichos de muitos indivíduos diferentes e intransigentes que de outra forma poderiam causar uma cisão. Assim, de certa forma contra-intuitivamente, o facciosismo pode de facto promover a harmonia organizacional.
Facções também ajudam a alargar e diversificar a atracção da organização. Uma pessoa que de outra forma poderia achar os objectivos da organização pouco atraentes poderia ser persuadida a apoiar uma facção dentro dela cujos objectivos estejam mais próximos dos seus. Tal como um governo democrático é frequentemente revigorado por uma forte oposição, também ter uma série de pontos de vista distintos com uma organização pode energizá-la e permitir-lhe desempenhar o seu papel mais eficazmente. É também altamente improvável que qualquer organização política de grande dimensão esteja totalmente unida em objectivos, pelo que, discutivelmente, as facções representam simplesmente uma forma de gerir diferenças pré-existentes dentro da organização.
Os Pais Fundadores da constituição americana, advertiram explicitamente contra os perigos do facciosismo partidário. Madison, Hamilton e Washington expressaram a crença de que as facções iriam criar divisões que acabariam por desmantelar o governo. Estes sentimentos podem ser encontrados em The Federalist Papers, especificamente Federalist 10 e 51 escritos por Madison.