Embora muitas das regiões montanhosas e algumas das terras baixas permaneçam fortemente florestadas, as florestas do país têm vindo a encolher rapidamente há décadas. Entre meados do século XX e o início do século XXI, a área florestal do país foi reduzida em mais de metade – em grande parte devido à exploração madeireira, mineira e agrícola – e representa agora menos de um quarto da área total de terra do país. Onde as florestas permanecem no norte de Luzon, a principal árvore de montanha é o pinheiro. Noutras áreas, o lauan (mogno filipino) predomina frequentemente.
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A maior parte da vegetação das Filipinas é indígena e assemelha-se em grande parte à da Malásia; as plantas e árvores das zonas costeiras, incluindo os mangais, são praticamente idênticas às de regiões semelhantes em todo o Arquipélago Malaio. Os elementos dos Himalaias ocorrem nas montanhas do norte de Luzon, enquanto alguns tipos australianos são encontrados em várias altitudes. As ilhas albergam milhares de espécies de plantas floríferas e fetos, incluindo centenas de espécies de orquídeas, algumas das quais são extremamente raras. Gramíneas altas e grosseiras como o cogon (género Imperata) surgiram em muitos locais onde as florestas foram queimadas.
As Filipinas são habitadas por mais de 200 espécies de mamíferos, incluindo búfalos de água (carabao), cabras, cavalos, porcos, gatos, cães, macacos, esquilos, lémures, ratos, pangolins (tamanduás escamosos), chevrotain (veado rato), mangustos, gatos civis, e veados vermelhos e castanhos, entre outros. O tamarau (Anoa mindorensis), uma espécie de pequeno búfalo de água, encontra-se apenas em Mindoro. De mais de 50 espécies de morcegos, muitos são peculiares das Filipinas. Os restos fósseis mostram que os elefantes já viveram nas ilhas.
Centenas de espécies de aves vivem nas Filipinas, quer durante todo ou parte do ano. A avifauna proeminente inclui aves da selva, pombos, pavões, faisões, pombas, papagaios, chifres, peixe-rei, pássaros do sol, alfaiates, tecelões, garças, e codornizes. Muitas espécies são endémicas da ilha de Palawan. A águia filipina (Pithecophaga jefferyi), ameaçada de extinção, está limitada principalmente a áreas isoladas em Mindanao e na Sierra Madre em Luzon.
Os mares que rodeiam as ilhas e os lagos interiores, rios, estuários e lagoas são habitados por nada menos do que 2.000 variedades de peixes. Os recifes de Tubbataha no Mar de Sulu foram designados Património Mundial pela UNESCO em 1993, em reconhecimento da sua abundância e diversidade de vida marinha; em 2009, os limites do sítio do Património Mundial foram alargados para triplicar a sua dimensão original. O peixe-leite, um peixe de comida popular e o peixe nacional das Filipinas, é abundante em águas salobras e marinhas. Os cavalos marinhos são comuns nos recifes das Ilhas Visayan.
Um número de espécies de tartarugas marinhas, incluindo a tartaruga-de-couro, são protegidas, tal como o crocodilo filipino e o crocodilo de água salgada. As ilhas são o lar de uma diversidade de répteis e anfíbios. Lagartos-monitores de água (Varanus salvator) de vários tipos têm sido premiados pelas suas peles. Skinks, osgas, e cobras são abundantes, e mais de 100 espécies são endémicas das Filipinas. O país é também anfitrião de muitos tipos de sapos, incluindo várias variedades voadoras; a maioria é endémica das ilhas.