Gli antenati degli indiani Otoe-Missouria erano un popolo Siouan della famiglia linguistica Chiwere. Insieme agli Iowa e ai Winnebago, un tempo costituivano un’unica tribù settentrionale dei Grandi Laghi. Gli Otoe, i Missouria e gli Iowa migrarono verso l’ovest-sud-ovest durante il XVI secolo e si divisero. Alla fine del XVII secolo gli Otoe si erano stabiliti lungo l’attuale confine tra Minnesota e Iowa, mentre i Missouria abitavano vicino alla confluenza dei fiumi Missouri e Grand nel Missouri. Il primo contatto tra gli Otoe e gli europei avvenne nel 1680.
Gli Otoe successivamente attraversarono il fiume Missouri e si stabilirono vicino al fiume Platte nel Nebraska sud-orientale. Rimasero in quelle vicinanze fino alla loro rimozione nel Territorio Indiano (l’attuale Oklahoma) nel 1880-81. Nel frattempo, i Missouria, devastati dal vaiolo e dalla guerra con i Sac and Fox e altri nemici, rischiavano l’estinzione. Intorno al 1796 circa ottanta Missouria si stabilirono tra gli Otoe, e i pochi rimasti si unirono agli Osage e ai Kaw.
Gli Otoe-Missouria vivevano in villaggi di logge di terra sedentari (venivano utilizzati anche tipis e logge di corteccia). La loro società era patrilineare, con membri divisi in sette o dieci clan esogami. I capi clan formavano un consiglio tribale, con il clan dell’Orso che forniva la leadership principale. Gli Otoe-Missouria cacciavano bisonti, raccoglievano piante e coltivavano mais, fagioli, zucche e zucche. Credevano in Wakanda, uno spirito universale. La loro popolazione era stimata in millecinquecento persone nel 1830 e 358 nel 1890.
Gli Otoe-Missouria cedettero per la prima volta la terra agli Stati Uniti nel 1830. Altre cessioni seguirono nel 1833, 1836 e 1854. Nel 1854 ricevettero una riserva lungo il Big Blue River al confine tra Kansas e Nebraska. Il fazionalismo sulla questione dell’acculturazione divise la tribù durante gli anni 1870. I membri progressisti furono influenzati dai loro agenti quaccheri e favorirono l’assimilazione. Conosciuti come la banda Quaker, erano opposti alla più tradizionale banda Coyote.
Il Congresso approvò la vendita di 120.000 acri della Big Blue Reservation nel 1876, con il resto venduto nel 1881. La rimozione degli Otoe-Missouria nel Territorio Indiano iniziò all’inizio del 1880 quando i membri della banda Coyote si trasferirono nella riserva Sac and Fox. Nell’autunno del 1881, 234 membri della banda Quaker arrivarono nella loro nuova riserva di 129.113 acri nelle attuali contee di Noble e Pawnee. Nonostante la resistenza delle tribù, la riserva Otoe-Missouria fu assegnata a partire dal 1890. Entro il 1907, 514 individui avevano ricevuto le assegnazioni. Molti membri della tribù lasciarono l’area durante la Grande Depressione e la Seconda Guerra Mondiale. Nel 1964 e nel 1967 l’Indian Claims Commission compensò gli Otoe-Missouria per le terre cedute durante il diciannovesimo secolo.
La Costituzione della Tribù degli Indiani Otoe-Missouria fu ratificata nel 1984 in accordo con l’Oklahoma Indian Welfare Act del 1936. Governata da un consiglio di sette membri, la tribù ha sede a Red Rock e aveva una popolazione di 1.449 persone nel 2004. Le imprese tribali includono il Seven Clans Paradise Casino vicino a Red Rock. La tribù offre ai suoi membri vari servizi, tra cui alloggi, salute e programmi educativi. Un accampamento annuale degli Otoe-Missouria si tiene a luglio. Altre cerimonie e incontri sociali sono condotti presso il Centro Culturale Otoe-Missouria.