Anche se molte delle regioni di montagna e alcune delle pianure rimangono fortemente boscose, le foreste del paese si stanno riducendo rapidamente da decenni. Tra la metà del 20° secolo e l’inizio del 21° secolo, la superficie forestale del paese si è ridotta di oltre la metà – in gran parte a causa del disboscamento, delle attività minerarie e agricole – e ora rappresenta meno di un quarto della superficie totale del paese. Dove rimangono le foreste nel nord di Luzon, il principale albero di montagna è il pino. In altre zone, il lauan (mogano delle Filippine) spesso predomina.
La maggior parte della vegetazione delle Filippine è indigena e assomiglia in gran parte a quella della Malesia; le piante e gli alberi delle zone costiere, comprese le paludi di mangrovie, sono praticamente identici a quelli di regioni simili in tutto l’arcipelago malese. Elementi himalayani si trovano nelle montagne del nord di Luzon, mentre alcuni tipi australiani si trovano a varie altitudini. Le isole ospitano migliaia di specie di piante da fiore e felci, comprese centinaia di specie di orchidee, alcune delle quali sono estremamente rare. Erbe alte e grossolane come il cogon (genere Imperata) sono sorte in molti luoghi dove le foreste sono state bruciate.
Le Filippine sono abitate da più di 200 specie di mammiferi, tra cui bufali d’acqua (carabao), capre, cavalli, maiali, gatti, cani, scimmie, scoiattoli, lemuri, topi, pangolini (formichieri squamosi), chevrotains (cervi topi), manguste, gatti zibetto e cervi rossi e marroni, tra gli altri. Il tamarau (Anoa mindorensis), una specie di piccolo bufalo d’acqua, si trova solo a Mindoro. Delle oltre 50 specie di pipistrelli, molte sono peculiari delle Filippine. Resti fossili mostrano che gli elefanti vivevano un tempo sulle isole.
Centinaia di specie di uccelli vivono nelle Filippine, per tutto o per parte dell’anno. L’avifauna di spicco comprende gli uccelli della giungla, i piccioni, i pavoni, i fagiani, le colombe, i pappagalli, i buceri, i martin pescatori, gli uccelli del sole, i tailorbirds, i weaverbirds, gli aironi e le quaglie. Molte specie sono endemiche dell’isola di Palawan. L’aquila filippina in pericolo di estinzione (Pithecophaga jefferyi) è limitata principalmente ad aree isolate su Mindanao e nella Sierra Madre su Luzon.
I mari che circondano le isole e i laghi interni, i fiumi, gli estuari e gli stagni sono abitati da non meno di 2.000 varietà di pesci. Le scogliere di Tubbataha, nel Mare di Sulu, sono state designate patrimonio mondiale dell’UNESCO nel 1993, in riconoscimento della loro abbondanza e diversità di vita marina; nel 2009 i confini del sito del patrimonio mondiale sono stati estesi fino a triplicare la sua dimensione originale. Il pesce latte, un popolare pesce alimentare e il pesce nazionale delle Filippine, è abbondante nelle acque salmastre e marine. I cavallucci marini sono comuni nelle barriere coralline delle isole Visayan.
Un certo numero di specie di tartarughe marine, compresa la tartaruga di cuoio, sono protette, così come il coccodrillo filippino e il coccodrillo d’acqua salata. Le isole ospitano una vasta gamma di rettili e anfibi. I varani d’acqua (Varanus salvator) di vari tipi sono stati apprezzati per le loro pelli. Skinks, gechi e serpenti sono abbondanti e più di 100 specie sono endemiche nelle Filippine. Il paese ospita anche molti tipi di rane, comprese diverse varietà volanti; la maggior parte sono endemiche delle isole.