Scarlett Marlowe, eine junge Alchemie-Gelehrte, setzt die Arbeit ihres toten Vaters fort und sucht nach dem Stein der Weisen, einer legendären alchemistischen Substanz, die in der Lage ist, unedle Metalle in Gold oder Silber zu verwandeln und ewiges Leben zu gewähren, entdeckt von Nicolas Flamel. Nachdem sie den „Rosenschlüssel“ in einer Höhle im Iran gefunden hat, der sie beim Einsturz nur knapp entkommt, reist sie nach Paris, wo sie die Hilfe von George, ihrem ehemaligen Geliebten, in Anspruch nimmt. Zusammen mit Benji, dem Kameramann, übersetzen sie Flamels Grabstein, der ein Rätsel enthält, das sie 370 Fuß unter die Straßen von Paris führt. Sie holt sich die Hilfe eines Führers namens Papillon, seiner Freundin Souxie und ihres Freundes Zed, um die Katakomben von Paris zu durchsuchen. George weigert sich, mitzugehen, wird aber mit der Gruppe in die Höhlen getrieben, als ein Polizist sie entdeckt. Nachdem sie durch einen engen Tunnel gekrochen sind, der zusammenbricht, treffen sie auf weibliche Kultisten, die singen und besessen zu sein scheinen. Sie finden sich in einem versperrten Tunnel wieder, den Papillion nur ungern durchbricht, da die einzigen Menschen, die hindurchgegangen sind, darunter Paps Freund La Taupe (der Maulwurf), nie wieder gesehen wurden. Die Gruppe versucht, einen anderen Weg einzuschlagen, kehrt aber versehentlich dorthin zurück, wo sie sich befand, und ist gezwungen, durch den Tunnel zu gehen.
Nachdem sie tiefer in die Katakomben vorgedrungen sind, treffen sie auf La Taupe, der sich bereit erklärt, sie hinauszuführen, und ihnen mitteilt, dass der einzige Weg nach unten führt. Sie finden schließlich eine Gruft mit einem konservierten Tempelritter, einem Schatzhügel und dem Flamel-Stein. Als sie den Stein entfernen, erkennt Scarlett zu spät, dass der Schatz eine Falle ist und der Raum stürzt ein. La Taupe geht unter den Trümmern verloren und wird von der Gruppe zurückgelassen.
Mit dem Flamel-Stein heilt Scarlett auf magische Weise die Verletzungen der Gruppe. Sie finden eine Zeichnung einer Tür an der Decke zusammen mit einem gnostischen Davidstern, der „Wie oben, so unten“ symbolisiert und eine im Boden versteckte Tür offenbart. Wenn sie durch die Öffnung gehen, finden sie einen Tunnel, der mit dem Satz „Gebt alle Hoffnung auf, die ihr hier eintretet“ auf Griechisch gekennzeichnet ist, identisch mit dem Eingang zur Hölle in Dantes Inferno.
Wenn sie hindurchgehen, finden sie ein dunkles Spiegelbild des Raumes, den sie verlassen haben, einschließlich La Taupe, die Souxie tötet, bevor sie in den engen Tunneln verschwindet. Sie erkennen, dass sie weitergehen und tiefer gehen müssen, um zu entkommen. Auf dem Weg dorthin wird Benji, der Kameramann, von der weiblichen Sektenführerin in ein Loch gestoßen. Sie stoßen auf ein brennendes Auto und einen Insassen, ein Ereignis aus Paps Vergangenheit, der Papillon an sich zieht und im Boden versinkt. Es gelingt ihnen nicht, Pap aus dem Boden zu ziehen. Als sie weitergehen, sehen sie Erscheinungen von schrecklichen Geistern und Dämonen. Statuen in der Wand erwachen zum Leben, und eine greift George gewaltsam an. Nachdem er versucht hat, ihn weiter zu ziehen, murmelt George „Vitriol“, ein weiteres Rätsel von vorhin, und Scarlett erkennt, dass der Flamel-Stein selbst eine weitere Falle ist. Nur wenn sie ihn zurückbringt, wird sie den echten Stein finden.
Als sie zurück zur Krypta rennt, erkennt sie einen Mann, der sich erhängt hat, als ihren Vater. Nachdem sie von einer unsichtbaren Macht fast in einer Blutspur ertränkt wird, kehrt sie in die Krypta zurück und findet einen polierten Spiegel, woraufhin sie erkennt, dass sie die magischen Fähigkeiten des Steins besitzt. Sie kehrt zu George zurück und küsst ihn, während sie ihn heilt. Sie erklärt, dass sie sich ihren Qualen stellen müssen, da dieser Ort eine alternative Form der Realität bietet. Als die vermummten Dämonen sie jagen, finden sie ein tiefes Loch und springen hinunter. Sie glauben zunächst, dass es keine logische Möglichkeit gibt, den Sturz zu überleben, aber sie überleben. Am Boden angekommen, sehen sie, dass das Loch nicht mehr da ist. Schließlich finden Scarlett, George und Zed einen Schacht auf dem Boden, der sie, wenn sie ihn hinunterdrücken, mit der rechten Seite nach oben an die Oberfläche bringt, auf eine Straße mit Blick auf die Notre Dame. Scarlett und George halten sich gegenseitig fest, während Zed weggeht, endlich in Sicherheit. In einem Schlussprotokoll hört man Scarlett sagen, dass sie nie einen Schatz gesucht hat, sondern nur die Wahrheit.