Scarlett Marlowe, młoda uczona w dziedzinie alchemii, kontynuuje dzieło swego zmarłego ojca, poszukując kamienia filozoficznego, legendarnej substancji alchemicznej zdolnej zamienić metale nieszlachetne w złoto lub srebro i dać wieczne życie, odkrytej przez Nicolasa Flamela. Po znalezieniu „Różanego klucza” w jaskini w Iranie, z której ledwo uchodzi, gdy się zawala, wyrusza do Paryża, gdzie korzysta z pomocy George’a, swojego byłego kochanka. Wraz z Benji kamerzysta, tłumaczą Flamel nagrobka, który zawiera zagadkę, która prowadzi ich 370 stóp pod ulicami Paryża. Ona korzysta z pomocy przewodnika o nazwie Papillon, jego dziewczyna Souxie, i przyjaciel Zed szukać Catacombs of Paris. George odmawia iść, ale jest napędzany do jaskiń z grupą, gdy policjant zauważa je. Po czołganie się przez wąski tunel, który zapada, napotykają kobiet kultystów, którzy śpiewają i wydają się opętani. Znajdują się w zablokowanym tunelu, że Papillion jest niechętny do naruszenia, jak tylko ludzie, którzy przeszli, w tym Papa przyjaciel La Taupe (Mole), nigdy nie widziano ponownie. Grupa próbuje podjąć inną ścieżkę, ale przypadkowo pętli z powrotem do miejsca, gdzie byli, i są zmuszeni przejść przez tunel.
Po venturing głębiej w katakumbach, spotykają La Taupe, który zgadza się poprowadzić je i informuje ich, że jedynym wyjściem jest w dół. W końcu znaleźć grobowiec z zachowanym Templar Knight, kopiec skarbów i Flamel Stone. Usuwanie kamienia, Scarlett uświadamia sobie zbyt późno, że skarb jest pułapką, a pokój zapada. La Taupe jest zagubiony pod gruzami i jest pozostawiony przez grupę.
Z Flamel Stone, Scarlett magicznie leczy obrażenia grupy. Znajdują rysunek drzwi na suficie wraz z gnostycką Gwiazdą Dawida, symbolizującą „Jak wyżej, tak niżej”, odsłaniającą drzwi ukryte w podłodze. Przechodząc przez otwór, znajdują tunel oznaczony frazą „Porzućcie wszelką nadzieję, wy, którzy tu wchodzicie” w języku greckim, identyczny z wejściem do Piekła w Piekle Dantego.
Przechodząc przez niego, znajdują ciemne odbicie pokoju, który opuścili, w tym La Taupe, która zabija Souxie, zanim zniknie w wąskich tunelach. Zdają sobie sprawę, że muszą kontynuować i iść głębiej, aby uciec. Po drodze, Benji kamerzysta jest popychany do jego śmierci w dół otworu przez głównego kultysty kobiet. Napotykają płonący samochód i okupanta, incydent z przeszłości Papa, który wciąga Papillon i tonie w podłodze. Nie udaje im się wyciągnąć Pap z ziemi. Jak oni dalej, widzą objawienia przerażających duchów i demonów. Posągi w ścianie ożywają, a jeden brutalnie atakuje George’a. Po próbie przeciągnięcia go dalej, George mruczy, „Vitriol”, kolejna zagadka z wcześniej, a Scarlett uświadamia sobie, że sam kamień Flamela jest jeszcze jedna pułapka. Tylko przez powrót ona znajdzie prawdziwy kamień.
Jak ona ściga się z powrotem do krypty, ona rozpoznaje człowieka, który powiesił się jako jej ojciec. Po prawie utopiony w linii krwi przez niewidzialną siłę, wraca do krypty i znajduje polerowane lustro, które jest, kiedy zdaje sobie sprawę, że ma magiczne zdolności kamienia. Wraca do George’a, całując go, gdy go uzdrawia. Ona wyjaśnia, że muszą skonfrontować swoje męki, jak to miejsce zapewnia alternatywną formę rzeczywistości. Jak zakapturzone demony gonić je, znajdują i skakać w dół głębokiej dziury. Najpierw uważają, że nie ma logicznego sposobu na przetrwanie upadku, ale przeżywają. Na dole, widzą, że dziura nie jest już tam. Ostatecznie, Scarlett, George, i Zed znaleźć właz na podłodze, która po naciśnięciu w dół dostarcza je na prawą stronę do powierzchni, na ulicy z widokiem na Notre Dame. Scarlett i George trzymać się nawzajem, podczas gdy Zed odchodzi, wreszcie bezpieczny. W dzienniku końcowym, Scarlett jest słyszalny mówiąc, że nigdy nie szukał skarb, tylko prawda.