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Traitement des échantillons cliniques

Lorsque l’on prélève des échantillons sur des patients pour isoler et identifier les bactéries anaérobies associées aux infections, il faut prendre des précautions pour exclure l’air (figure 17-3). Les matériaux pour la culture anaérobie sont mieux obtenus avec une aiguille et une seringue. A moins que l’échantillon ne puisse être envoyé immédiatement au laboratoire, il est placé dans un tube de transport anaérobie contenant du dioxyde de carbone sans oxygène ou de l’azote. L’échantillon est injecté à travers le bouchon en caoutchouc du tube de transport et reste dans l’environnement anaérobie du tube jusqu’à son traitement dans le laboratoire de bactériologie. Si l’échantillon est recueilli à l’aide d’un écouvillon, seul un système de transport anaérobie spécial disponible dans le commerce est utilisé.

Les spécimens doivent être exempts de bactéries contaminantes. Le matériel provenant de sites normalement stériles, comme le sang, le liquide céphalo-rachidien ou le liquide pleural, ne pose aucun problème, à condition de prendre les précautions habituelles pour décontaminer correctement la peau avant de la ponctionner pour obtenir l’échantillon. Les échantillons fécaux, les expectorations ou les sécrétions vaginales ne peuvent pas être mis en culture de façon routinière pour les anaérobies pathogènes car ils contiennent normalement d’autres organismes anaérobies. Des aspirations d’abcès ou des sites spécifiques d’infections doivent être obtenues dans ces cas pour éviter une contamination indue avec les composants de la flore indigène.

Bien que plusieurs techniques soient disponibles pour maintenir un environnement sans oxygène pendant le traitement des spécimens pour la culture anaérobie, le bocal anaérobie est le plus courant. Il s’agit d’un bocal en verre ou en plastique de taille moyenne avec un couvercle hermétique contenant des particules d’alumine recouvertes de palladium, qui servent de catalyseur. Deux méthodes permettent de le mettre en place. La plus simple consiste à utiliser une enveloppe de générateur d’hydrogène et de dioxyde de carbone disponible dans le commerce (GasPak) qui est placée dans le bocal avec les plaques de culture. Le générateur est activé avec de l’eau. L’oxygène présent dans le bocal et l’hydrogène généré sont convertis en eau en présence du catalyseur, ce qui crée des conditions anaérobies. Le dioxyde de carbone, qui est également généré, est nécessaire à la croissance de certains anaérobies et stimule la croissance d’autres. Une autre méthode pour obtenir l’anaérobiose dans le bocal consiste à évacuer et à remplacer l’air. L’air est évacué du bocal scellé contenant les plaques de culture et est remplacé par un mélange sans oxygène composé de 80 % d’azote, 10 % d’hydrogène et 10 % de dioxyde de carbone.

Des procédures plus sophistiquées sont utilisées pour isoler les micro-organismes extrêmement sensibles à l’oxygène qui ne peuvent pas être récupérés en utilisant le bocal anaérobie. L’une d’elles, la méthode du tube à rouleaux, consiste en un tube à essai bouché contenant un gaz exempt d’oxygène et une fine couche de milieu gélosé préréduit sur sa surface intérieure. Le milieu dans le tube est inoculé avec une boucle pendant que le tube est tourné. Cela produit une trace en spirale sur la surface de la gélose. Le tube est rincé avec un flux de dioxyde de carbone pour empêcher l’entrée d’air alors qu’il est ouvert pendant l’inoculation.

L’isolateur de boîte à gants anaérobie est une autre innovation développée pour isoler les bactéries anaérobies. Il s’agit essentiellement d’une grande chambre en vinyle transparent, avec des gants attachés, contenant un mélange de 80 % d’azote, 10 % d’hydrogène et 10 % de dioxyde de carbone. Un sas situé à une extrémité de la chambre est équipé de deux trappes, l’une menant à l’extérieur et l’autre à l’intérieur de la chambre. Les spécimens sont placés dans le sas, la trappe extérieure est fermée, l’air du sas est évacué et remplacé par le mélange gazeux. La trappe intérieure est ensuite ouverte pour introduire l’échantillon dans la chambre. Des procédures bactériologiques conventionnelles sont employées pour traiter le spécimen dans l’atmosphère sans oxygène.

Bien que ces systèmes complexes soient nécessaires pour isoler les composants de la flore anaérobie, des études ont montré que le bocal anaérobie est adéquat pour récupérer les anaérobies cliniquement significatifs. Les bactéries extrêmement sensibles à l’oxygène de la microflore ne sont apparemment pas associées à des processus infectieux.

Les procédures de culture et d’identification des bactéries anaérobies sont bien établies (figure 17-3). Une variété de milieux sélectifs et non sélectifs est disponible pour la culture des anaérobies. Un milieu non sélectif fiable est constitué de gélose Brucella complétée par du sang de mouton, de l’hémine, de la cystéine, du carbonate de sodium et de la ménadione. Les procédures bactériologiques habituelles sont utilisées pour identifier les anaérobies. Elles sont basées sur les réactions de coloration de Gram, la morphologie des cellules et des colonies, les profils de sensibilité aux antibiotiques, les réactions de fermentation des glucides et d’autres tests biochimiques. L’analyse des produits finaux métaboliques, notamment les acides organiques, fournit des informations supplémentaires utiles à la classification de ces organismes.