L’existence d’un système de factions peut avoir de graves conséquences négatives pour une organisation politique. Si les conflits entre factions deviennent intensifs et publics, l’organisation peut souffrir d’une perception de désunion. Si l’on va plus loin, si le conflit est particulièrement grave, il peut provoquer des ruptures au sein de l’organisation qui entravent sérieusement son efficacité, conduisant à la rupture ou à l’effondrement de l’organisation.
Pour éviter de nuire à l’organisation, les opérations des factions sont généralement menées dans le plus grand secret et avec un minimum d’examen public. Cela peut toutefois conduire à la prolifération de comportements non éthiques. La guerre entre les factions peut donner lieu à des tactiques telles que le bourrage des urnes, les retraits, la fraude à l’adhésion et d’autres comportements généralement frauduleux. Les personnes qui abandonnent une faction peuvent faire l’objet d’intenses vendettas personnelles où leurs anciens camarades s’emploient à saboter leur carrière. Un climat de conflit intense entre factions peut également motiver les individus à se concentrer sur l’attaque de leurs ennemis de faction plutôt que de faire progresser l’organisation plus large.
Malgré cela, les avantages des systèmes de factions sont souvent négligés. Il est souvent incompréhensible pour les personnes extérieures que les membres d’une organisation plus large s’engagent dans le factionnalisme. Cela découle de l’hypothèse selon laquelle la relation factionnelle naturelle est faite de conflits et de querelles, alors qu’en fait, les factions sont souvent capables de s’engager dans une coopération productive.
Dans toute organisation politique, il est probable qu’il y ait de nombreuses personnes aux opinions très arrêtées et passionnées. L’existence d’un système de factions permet à son fonctionnement d’être plus prévisible et plus stable. Les compromis et les concessions entre factions permettent à l’organisation de fonctionner sans avoir à satisfaire les caprices de nombreux individus différents et intransigeants qui pourraient autrement provoquer une scission. Ainsi, de manière quelque peu contre-intuitive, le factionnalisme peut en fait favoriser l’harmonie organisationnelle.
Les factions permettent également d’élargir et de diversifier l’attrait de l’organisation. Une personne qui pourrait autrement trouver les objectifs de l’organisation peu attrayants pourrait être persuadée de soutenir une faction en son sein dont les objectifs sont plus proches des siens. De même qu’un gouvernement démocratique est souvent revigoré par une forte opposition, la présence de plusieurs points de vue distincts au sein d’une organisation peut la dynamiser et lui permettre de remplir son rôle plus efficacement. Il est également très peu probable que toute organisation politique d’envergure soit totalement unie dans ses objectifs, donc on peut soutenir que les factions représentent simplement un moyen de gérer les différences préexistantes au sein de l’organisation.
Les Pères fondateurs de la constitution américaine, ont explicitement mis en garde contre les dangers du factionnalisme des partis. Madison, Hamilton et Washington ont exprimé la conviction que les factions créeraient des divisions qui finiraient par démanteler le gouvernement. Ces sentiments se retrouvent dans les Federalist Papers, plus précisément dans les Federalist 10 et 51 écrits par Madison.