Les animaux que l’on trouve à proximité des humains dans les pays à revenu faible et intermédiaire (PRFM) abritent de nombreux pathogènes capables d’infecter les humains, transmissibles par leurs matières fécales. Le contact avec les excréments des animaux pose un risque actuellement non quantifié – bien que probablement substantiel – pour la santé humaine. Dans les PRFM, l’exposition humaine aux fèces animales peut expliquer une partie du succès limité des récentes interventions en matière d’eau, d’assainissement et d’hygiène qui se sont concentrées sur la limitation de l’exposition aux excréments humains, avec moins d’attention pour le confinement des fèces animales.
Nous avons effectué une revue pour identifier les agents pathogènes qui peuvent contribuer substantiellement à la charge mondiale de morbidité chez l’homme par leur propagation dans les fèces animales dans l’environnement domestique des PRFM. Sur les 65 organismes potentiellement pathogènes considérés, 15 ont été jugés pertinents, sur la base de la charge de morbidité et du potentiel de transmission zoonotique. Parmi ceux-ci, cinq ont été considérés comme les plus préoccupants en raison de la charge de morbidité substantielle pour laquelle la transmission dans les matières fécales animales est potentiellement importante : Campylobacter, Salmonella non typhoïde (SNT), le virus de Lassa, Cryptosporidium et Toxoplasma gondii. La plupart d’entre eux ont un large éventail d’hôtes animaux, à l’exception du virus de Lassa, qui se transmet par les excréments des rats indigènes de l’Afrique subsaharienne. Ensemble, ces cinq agents pathogènes causent près d’un million de décès par an. Plus de la moitié de ces décès sont attribués aux SNT invasives. Nous n’estimons pas une charge globale de maladie due à une gestion inadéquate des matières fécales animales dans les PRFM, car on ne sait pas quelle proportion des maladies causées par ces agents pathogènes peut être attribuée au contact avec des matières fécales animales.
Les interventions typiques en matière de quantité et de qualité de l’eau et de lavage des mains promues dans le domaine de la santé publique et du développement s’attaquent aux voies de transmission des matières fécales humaines et animales ; cependant, les interventions sanitaires se concentrent généralement sur le confinement des déchets humains, négligeant souvent la charge résiduelle de maladie due aux agents pathogènes transmis par les matières fécales animales. Cette revue compile des données probantes sur les agents pathogènes susceptibles de contribuer à la charge de morbidité par la transmission dans les matières fécales animales ; ces données permettront de hiérarchiser les types d’intervention et les régions qui pourraient le plus bénéficier d’interventions visant à réduire le contact humain avec les matières fécales animales.