Les lapins à queue blanche du désert, comme cet animal en bonne santé, sont sensibles à un nouveau virus.
John J. Mosesso/U.S. Geological Survey
Un virus mortel se propage rapidement parmi les lapins sauvages du sud-ouest de l’Amérique du Nord, menaçant les populations et peut-être même les espèces menacées. La semaine dernière, le virus, qui provoque une maladie hémorragique, a atteint le sud de la Californie.
« Les perspectives actuelles sont si incroyablement sombres », déclare Hayley Lanier, mammologue à l’université de l’Oklahoma. « Nous devons simplement regarder la vague se propager et nous inquiéter des espèces en péril sur son passage. »
Le virus de la maladie hémorragique du lapin s’est d’abord répandu dans le monde entier dans les années 1980, dévastant les populations de lapins domestiques en Chine et en Europe. Il s’est précipité en Australie, où les lapins sauvages avaient prospéré après avoir été introduits au 18e siècle. Les populations ont commencé à se rétablir, mais une nouvelle souche est alors apparue en France en 2010, qui tue également des espèces sauvages.
Les souches de ce nouvel agent pathogène – le virus de la maladie hémorragique du lapin 2 (RHDV2, également appelé L. europaeus/GI.2) – sont plus enclines à la recombinaison, ce qui pourrait expliquer la gamme plus large d’hôtes, explique Joana Abrantes, chercheuse en évolution virale au Centre de recherche en biodiversité et ressources génétiques au Portugal. La nouvelle souche est moins mortelle chez les adultes, mais contrairement à son prédécesseur, elle tue également les jeunes lapins. Après que le virus a martelé les populations de la péninsule ibérique, tuant 60 à 70 % d’entre elles, deux prédateurs qui dépendent des lapins ont également décliné : l’aigle impérial espagnol de 45 % et le lynx ibérique de 65 %.
Les deux types de RHDV sont extrêmement infectieux. Ils persistent également dans l’environnement, survivant dans les animaux morts pendant au moins 3 mois. Les prédateurs et les insectes peuvent le propager par leurs excréments. Le virus est maintenant prêt à se répandre dans toute l’Amérique du Nord, explique Robyn Hall, virologue vétérinaire et épidémiologiste à l’Organisation de recherche scientifique et industrielle du Commonwealth, où le RHDV2 a traversé le pays en 18 mois entre 2015 et 2016.
Première détection
Le virus a été détecté pour la première fois en Amérique du Nord en 2018, chez des lapins domestiques au Canada, puis dans trois États américains, mais pas chez des espèces sauvages. Début mars, des biologistes du Nouveau-Mexique ont commencé à trouver des lapins sauvages morts. L’une des premières victimes connues a été découverte par Gary Roemer, biologiste de la faune sauvage à l’Université d’État du Nouveau-Mexique (NMSU), à Las Cruces, alors qu’il promenait son retriever Chesapeake Bay dans le désert. Le chien « n’attrape jamais les lièvres, ils sont juste trop rapides », dit-il. Mais le lapin devait être malade et faible, suppose-t-il. Depuis, Roemer a trouvé 18 carcasses dans 1 demi-kilomètre carré.
Les biologistes et les vétérinaires de la faune sauvage des États voisins étaient en alerte et ont commencé à recevoir des rapports sur de multiples lapins morts dans de nombreux endroits. « C’est très, très inhabituel et ce qui arrive quand nous avons une maladie toute nouvelle dans le paysage », explique Anne Justice-Allen, vétérinaire de la faune sauvage au département de la chasse et de la pêche de l’Arizona. « Nous ne verrions jamais la tularémie ou la peste se propager de la sorte chez les lapins ». Elle a envoyé plusieurs carcasses au National Wildlife Health Center (NWHC) de l’U.S. Geological Survey (USGS), qui participe aux nécropsies et prépare les échantillons pour les tests génétiques. Le RHDV étant un virus étranger, seul un laboratoire de haut confinement géré par le ministère américain de l’Agriculture (USDA) sur l’île Plum, au large de la côte de New York, est autorisé à effectuer des tests de dépistage du virus.
L’USDA a séquencé les génomes des échantillons de RHDV2 collectés de 2018 à aujourd’hui, selon un rapport soumis à l’Organisation mondiale de la santé animale le 5 mai. La souche virale dans le sud-ouest – la même souche y a été trouvée chez des lapins domestiques et sauvages – diffère des échantillons provenant d’autres États américains et du Canada, ce qui suggère une introduction unique dans la région désertique. Les génomes seront publiés dès que possible, a déclaré un porte-parole à ScienceInsider. Le fait d’en savoir plus sur les souches, et éventuellement sur leur virulence, pourrait aider les biologistes à savoir à quel type d’impact il faut s’attendre dans les populations sauvages, explique Justice-Allen. Des expériences de provocation, dans lesquelles des lapins sont intentionnellement infectés par le virus, seraient également utiles. En 2017, les chercheurs du laboratoire de Plum Island ont montré que le RHDV2 peut tuer les cottontails de l’Est, une espèce sauvage, mais les infections expérimentales ne sont pas prévues pour d’autres espèces sauvages.
Préoccupation pour les espèces menacées
En attendant, l’USGS a averti que toutes les espèces nord-américaines de lagomorphes – qui comprennent les lapins, les lièvres et des parents éloignés appelés pikas – pourraient être sensibles. Les biologistes craignent que le virus ait un impact particulièrement négatif sur certaines espèces qui sont déjà en difficulté. Dans l’ensemble, seules deux espèces de lagomorphes nord-américains sont considérées comme stables ; les autres sont en déclin en raison de menaces telles que le changement climatique ou la dégradation de l’habitat due au pâturage du bétail. D’autres espèces ne sont pas assez bien étudiées pour connaître leur statut, dit Lanier.
Les espèces particulièrement préoccupantes comprennent le lapin pygmée, dont les populations sont en danger, comme celles de l’État de Washington. Le virus affecte déjà des espèces dans le nord du Mexique, un centre de diversité de lagomorphes qui abrite des espèces rares et menacées comme le lapin volcanique et le lapin des montagnes Davis.
« Nous sommes très inquiets », déclare Jesús Fernández, mammalogiste à l’Université autonome de Chihuahua, à Chihuahua. « Nous pensons que cela peut constituer une menace sérieuse ». Fernández et ses collègues ont dit aux éleveurs de bétail locaux qu’ils devaient brûler tous les cadavres de lapins qu’ils trouvaient, les enterrer à 1 mètre de profondeur et signaler ceux qui avaient le visage ensanglanté. Fernández et ses collègues organisent des travaux d’échantillonnage pour déterminer quelles espèces peuvent être infectées au Mexique et comment se portent les populations. Si les populations de lapins et de lièvres s’effondrent, les coyotes pourraient chasser le bétail, ce qui inciterait les éleveurs à utiliser du poison pour tuer les coyotes. Les carcasses empoisonnées pourraient à leur tour mettre en danger les charognards tels que les aigles et les vautours.
Roemer dit qu’il n’y a pas beaucoup de données sur les populations de lapins dans le sud-ouest des États-Unis. Il a effectué des enquêtes dans trois régions du Nouveau-Mexique pendant plusieurs années et espère trouver des financements pour déterminer l’impact du virus sur les lapins et leurs prédateurs. Lui et d’autres chercheurs aimeraient également savoir si certaines espèces servent de réservoir au virus, ce qui pourrait le rendre endémique. « Il y a tellement de choses que nous ne savons pas qu’il est extrêmement difficile de faire une prédiction », déclare Matt Gompper, écologiste de la faune à NMSU.
Un vaccin pourrait-il aider ?
Si le virus s’établit, certains chercheurs espèrent qu’un vaccin pourrait aider à protéger les populations. Les vaccins commerciaux pour lapins domestiques, disponibles en Europe, ne peuvent pas être utilisés chez les espèces sauvages car ils doivent être injectés. « Le stress induit par la capture et la manipulation des animaux est souvent mortel », note Mme Abrantes. Et les vaccins sont fabriqués à partir de virus infectieux inactivés, ce qui fait craindre que les vaccins eux-mêmes puissent propager des agents pathogènes problématiques.
Quatre institutions au Portugal travaillent sur une approche différente. Le projet Fight 2 vise à développer un vaccin oral contre le RHDV2, incorporé dans des appâts, pour les populations de lapins sauvages de la péninsule ibérique. Le projet, qui a débuté en octobre 2018, dispose d’un budget d’environ 120 000 € pour développer un prototype de vaccin basé sur des particules de type viral qui imitent les virus sans être infectieuses. Le groupe attend les premiers résultats sur l’efficacité d’ici la fin de 2021. En cas de succès, l’homologation du vaccin pourrait prendre deux à trois ans de plus, selon eux. Un inconvénient : Comme les vaccins pour les lapins domestiques, des rappels seront nécessaires tous les 6 mois, et le coût pourrait être un problème.
Robert Dusek, biologiste de la faune au NWHC, émet une note de prudence : « C’est un long chemin à parcourir et assez coûteux ». Carlos Rouco, écologiste spécialiste de la faune à l’université de Cordoue, est également sceptique. Selon lui, le meilleur espoir est d’empêcher l’introduction du virus. « Je ne me considère pas comme une personne alarmiste, mais le virus est inarrêtable ». Une fois qu’il a atteint une population, les gestionnaires devraient essayer de réduire les autres stress subis par la population, comme l’approvisionnement en eau si nécessaire. Un certain pourcentage de la population devrait être résistant au virus, dit-il.
En Arizona, Justice-Allen garde espoir. « Nous voyons encore des lapins vivants dans des zones où l’épidémie dure depuis plus d’un mois. C’est donc rassurant »
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