Bien que de nombreuses régions montagneuses et certaines plaines restent fortement boisées, les forêts du pays diminuent rapidement depuis des décennies. Entre le milieu du 20e siècle et le début du 21e siècle, les terres forestières du pays ont été réduites de plus de la moitié – en grande partie à cause de l’exploitation forestière, minière et agricole – et représentent aujourd’hui moins d’un quart de la superficie totale du pays. Là où il reste des forêts dans le nord de Luzon, le principal arbre de montagne est le pin. Dans d’autres régions, le lauan (acajou des Philippines) prédomine souvent.
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La majeure partie de la végétation des Philippines est indigène et ressemble largement à celle de la Malaisie ; les plantes et les arbres des zones côtières, y compris les mangroves, sont pratiquement identiques à ceux des régions similaires de tout l’archipel malais. Des éléments himalayens sont présents dans les montagnes du nord de Luzon, tandis que quelques types australiens se trouvent à diverses altitudes. Les îles abritent des milliers d’espèces de plantes à fleurs et de fougères, y compris des centaines d’espèces d’orchidées, dont certaines sont extrêmement rares. Des herbes hautes et grossières, comme le cogon (genre Imperata), sont apparues dans de nombreux endroits où les forêts ont été brûlées.
Les Philippines sont habitées par plus de 200 espèces de mammifères, dont le buffle d’eau (carabao), les chèvres, les chevaux, les porcs, les chats, les chiens, les singes, les écureuils, les lémuriens, les souris, les pangolins (fourmiliers écailleux), les chevrotains (cerfs souris), les mangoustes, les civettes, les cerfs rouges et bruns, entre autres. Le tamarau (Anoa mindorensis), une espèce de petit buffle d’eau, ne se trouve que sur Mindoro. Parmi plus de 50 espèces de chauves-souris, beaucoup sont propres aux Philippines. Des restes fossiles montrent que des éléphants vivaient autrefois sur ces îles.
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Des centaines d’espèces d’oiseaux vivent aux Philippines, pendant tout ou partie de l’année. L’avifaune proéminente comprend les volatiles de la jungle, les pigeons, les paons, les faisans, les colombes, les perroquets, les calaos, les martins-pêcheurs, les oiseaux solaires, les oiseaux à queue, les tisserins, les hérons et les cailles. De nombreuses espèces sont endémiques à l’île de Palawan. L’aigle des Philippines (Pithecophaga jefferyi), espèce menacée d’extinction, se limite principalement à des zones isolées sur Mindanao et dans la Sierra Madre sur Luzon.
Les mers entourant les îles et les lacs intérieurs, les rivières, les estuaires et les étangs sont peuplés de pas moins de 2 000 variétés de poissons. Les récifs de Tubbataha, dans la mer de Sulu, ont été classés au patrimoine mondial de l’UNESCO en 1993 en reconnaissance de l’abondance et de la diversité de la vie marine ; en 2009, les limites du site du patrimoine mondial ont été étendues pour tripler sa taille initiale. Le poisson-lait, un poisson de consommation populaire et le poisson national des Philippines, est abondant dans les eaux saumâtres et marines. Les hippocampes sont communs dans les récifs des îles Visayan.
Un certain nombre d’espèces de tortues marines, dont la tortue luth, sont protégées, tout comme le crocodile des Philippines et le crocodile d’eau salée. Les îles abritent un ensemble diversifié de reptiles et d’amphibiens. Les varans d’eau (Varanus salvator) de différentes sortes ont été appréciés pour leur peau. Les scinques, les geckos et les serpents sont abondants, et plus de 100 espèces sont endémiques aux Philippines. Le pays abrite également de nombreux types de grenouilles, dont plusieurs variétés volantes ; la plupart sont endémiques aux îles.