Scarlett Marlowe, una giovane studiosa di alchimia, continua il lavoro del suo defunto padre alla ricerca della pietra filosofale, una leggendaria sostanza alchemica capace di trasformare i metalli comuni in oro o argento e garantire la vita eterna, scoperta da Nicolas Flamel. Dopo aver trovato la “Chiave della Rosa” in una grotta in Iran a cui sfugge per un pelo mentre crolla, si reca a Parigi, dove arruola l’aiuto di George, il suo ex amante. Insieme a Benji, il cameraman, traducono la lapide di Flamel, che contiene un enigma che li porta a 370 piedi sotto le strade di Parigi. Arruola l’aiuto di una guida chiamata Papillon, la sua ragazza Souxie e l’amico Zed per cercare nelle catacombe di Parigi. George si rifiuta di andare ma viene spinto nelle grotte con il gruppo quando un poliziotto li individua. Dopo aver strisciato attraverso uno stretto tunnel che crolla, incontrano delle cultiste che cantano e sembrano possedute. Si ritrovano in un tunnel bloccato che Papillion è riluttante ad aprire, poiché le uniche persone che sono passate, tra cui l’amico di Pap, La Taupe (La Talpa), non sono più state viste. Il gruppo tenta di prendere un’altra strada ma accidentalmente torna indietro al punto in cui si trovava, e sono costretti ad attraversare il tunnel.
Dopo essersi avventurati in profondità nelle catacombe, incontrano La Taupe, che accetta di guidarli fuori e li informa che l’unica via d’uscita è verso il basso. Alla fine trovano una tomba con un cavaliere templare conservato, un cumulo di tesori e la pietra di Flamel. Rimuovendo la pietra, Scarlett si rende conto troppo tardi che il tesoro è una trappola, e la stanza crolla. La Taupe si perde sotto le macerie e viene abbandonata dal gruppo.
Con la pietra di Flamel, Rossella guarisce magicamente le ferite del gruppo. Trovano il disegno di una porta sul soffitto insieme a una stella gnostica di David, che simboleggia “Come sopra, così sotto”, che rivela una porta nascosta nel pavimento. Passando attraverso l’apertura, trovano un tunnel contrassegnato dalla frase “Abbandonate ogni speranza, voi che entrate qui” in greco, identica all’ingresso dell’Inferno nell’Inferno di Dante.
Passandoci attraverso, trovano un riflesso oscuro della stanza che hanno lasciato, tra cui La Taupe, che uccide Souxie, prima di scomparire negli stretti tunnel. Si rendono conto che devono continuare e andare più in profondità per fuggire. Lungo la strada, Benji, il cameraman, viene spinto verso la morte in un buco dalla principale setta femminile. Incontrano un’auto in fiamme e un occupante, un incidente del passato di Pap che tira dentro Papillon e sprofonda nel pavimento. Non riescono ad estrarre Pap dal terreno. Mentre continuano, vedono apparizioni di spiriti e demoni terrificanti. Le statue nel muro prendono vita e una attacca violentemente George. Dopo aver cercato di trascinarlo oltre, George mormora “Vitriol”, un altro indovinello di prima, e Rossella si rende conto che la pietra di Flamel è un’altra trappola. Solo restituendola troverà la vera pietra.
Ritornando alla cripta, riconosce un uomo che si è impiccato come suo padre. Dopo essere stata quasi annegata in una scia di sangue da una forza invisibile, torna alla cripta e trova uno specchio lucido, ed è allora che si rende conto di avere le capacità magiche della pietra. Torna da George e lo bacia mentre lo guarisce. Lei spiega che devono affrontare i loro tormenti, in quanto questo luogo fornisce una forma alternativa di realtà. Mentre i demoni incappucciati li inseguono, trovano e saltano giù per un buco profondo. All’inizio credono che non ci sia un modo logico di sopravvivere alla caduta, ma sopravvivono. Sul fondo, vedono che il buco non c’è più. Alla fine, Scarlett, George e Zed trovano un tombino sul pavimento, che quando viene spinto verso il basso li trasporta proprio sulla superficie, su una strada che si affaccia su Notre Dame. Scarlett e George si abbracciano mentre Zed si allontana, finalmente al sicuro. In un registro finale, si sente Scarlett dire che non ha mai cercato il tesoro, solo la verità.