Marshmallow-Creme, eine der beiden Hauptzutaten eines Fluffernutters, wurde im frühen 20. Jahrhundert erfunden. Archibald Query erfand 1917 in Somerville, Massachusetts, eine Kreation, die er Marshmallow Creme nannte, während Amory und Emma Curtis aus Melrose, Massachusetts, 1913 die Snowflake Marshmallow Creme erfanden. Während des Ersten Weltkriegs veröffentlichte Emma Curtis ein Rezept für das Liberty Sandwich, das aus Erdnussbutter und Snowflake Marshmallow Creme auf Hafer- oder Gerstenbrot bestand. Das Rezept wurde in einem Werbeheft veröffentlicht, das 1918 an Curtis‘ Kunden verschickt wurde, und könnte der Ursprung des Fluffernutter-Sandwichs sein. Frühere Etiketten und Broschüren, die von den Curtises veröffentlicht wurden, schlugen vor, Snow Flake Marshmallow Creme mit Erdnussbutter zu kombinieren oder sie auf Sandwiches mit gehackten Nüssen oder Oliven zu essen.
Zwischenzeitlich beeinträchtigte die Zuckerknappheit während des Ersten Weltkriegs den Absatz von Archibald Querys Marshmallow Creme, so dass Query sein Rezept 1920 an zwei Männer aus Swampscott, Massachusetts, verkaufte, H. Allen Durkee und Fred L. Mower, die das Produkt über ihre Firma Durkee-Mower Inc. vertrieben. Die beiden benannten das Produkt in Toot Sweet Marshmallow Fluff um, und Durkee-Mower verkauft das Produkt weiterhin unter dem Namen Marshmallow Fluff. Das Sandwich aus Erdnussbutter und Marshmallow-Creme wurde weiterhin gegessen, aber erst 1960 als Fluffernutter bezeichnet, als eine von Durkee-Mower beauftragte Werbefirma den Begriff als effektiveren Weg zur Vermarktung des Sandwiches kreierte. Fluffernutter ist ein eingetragenes Warenzeichen von Durkee-Mower, obwohl die U.S.-Markenregistrierungen des Unternehmens für den Begriff nur Eiscreme und gedruckte Rezepte abdecken. Im Jahr 2006 verklagte Durkee-Mower Williams-Sonoma, Inc. vor dem United States District Court for the District of Massachusetts und behauptete, dass Williams-Sonoma, Inc. seine Marke verletzte, indem es ein mit Marshmallows und Erdnussbutter umhülltes Bonbon unter dem Namen Fluffernutter verkaufte.
Im Juni 2006, erregte der Senator des Bundesstaates Massachusetts, Jarrett Barrios, landesweite Aufmerksamkeit, als er eine Gesetzgebung vorschlug, die das Servieren von Fluffernutter-Sandwiches in öffentlichen Schulen einschränkte. Nachdem Barrios erfahren hatte, dass seinem Sohn an seiner öffentlichen Grundschule in Cambridge, Massachusetts, täglich Fluffernutters serviert wurden, entwarf er einen Änderungsantrag zu einem Junk-Food-Gesetz, der darauf abzielte, die Ausgabe von Fluffernutters in öffentlichen Schulen in Massachusetts auf einmal pro Woche zu beschränken. Der Vorschlag wurde als Beispiel für eine triviale und übermäßig aufdringliche Gesetzgebung kritisiert, während Barrios‘ Befürworter auf die Besorgnis über das Problem der Fettleibigkeit bei Kindern hinwiesen. Zu den Personen, die den Fluffernutter damals verteidigten, gehörte die Abgeordnete des Staates Massachusetts Kathi-Anne Reinstein, deren Distrikt in Revere in der Nähe von Lynn liegt, wo der Marshmallow Fluff hergestellt wird. Sie behauptete, sie wolle „bis zum Tod für Fluff kämpfen“ und unterstützte eine Gesetzgebung, die den Fluffernutter zum offiziellen staatlichen Sandwich machen sollte. Die Maßnahme scheiterte, und Reinstein versuchte es 2009 erneut erfolglos. Die Befürworter des Gesetzes beriefen sich auf die enge Verbindung des Sandwichs mit der Kindheit und Massachusetts.