Creme de marshmallow, um dos dois ingredientes principais de um Fluffernutter, foi inventado no início do século XX. Archibald Query inventou uma criação a que chamou Creme de Marshmallow em Somerville, Massachusetts, em 1917, enquanto Amory e Emma Curtis de Melrose, Massachusetts, inventaram o Creme de Floco de Neve de Marshmallow em 1913. Durante a Primeira Guerra Mundial, Emma Curtis publicou uma receita para o Sanduíche Liberty, que consistia em manteiga de amendoim e Creme de Floco de Neve de Marshmallow em pão de aveia ou de cevada. A receita foi publicada num folheto promocional enviado aos clientes da Curtis em 1918 e pode ser a origem da sanduíche de Fluffernutter. Os anteriores rótulos e folhetos publicados pelos Curtises sugeriam combinar Creme de Floco de Neve de Marshmallow com manteiga de amendoim ou comê-lo em sanduíches com nozes picadas ou azeitonas.
Meanwhile, a escassez de açúcar durante a Primeira Guerra Mundial prejudicou as vendas do Creme de Marshmallow de Archibald Query, pelo que Query vendeu a sua receita em 1920 a dois homens de Swampscott, Massachusetts, H. Allen Durkee e Fred L. Mower, que começaram a distribuir o produto através da sua empresa, Durkee-Mower Inc. A dupla renomeou o produto Toot Sweet Marshmallow Fluff, e a Durkee-Mower continua a vender o produto sob o nome de Marshmallow Fluff. A sanduíche feita com manteiga de amendoim e creme de marshmallow continuou a ser consumida, mas só foi chamada de Fluffernutter em 1960, quando uma empresa publicitária contratada pela Durkee-Mower criou o termo como uma forma mais eficaz de comercializar a sanduíche. Fluffernutter é uma marca registada da Durkee-Mower, embora os registos de marca registada da empresa nos EUA para o termo abranjam apenas gelados e receitas impressas. Em 2006, a Durkee-Mower processou a Williams-Sonoma, Inc. no Tribunal Distrital dos Estados Unidos para o Distrito de Massachusetts, alegando que a Williams-Sonoma, Inc. infringiu a sua marca comercial ao vender um doce coberto de chocolate com manteiga de marshmallow e amendoim sob o nome Fluffernutter.
Em Junho de 2006, O Senador Estadual de Massachusetts Jarrett Barrios ganhou atenção nacional quando propôs legislação que restringia o serviço de sandes de Fluffernutter nas escolas públicas. Depois de Barrios saber que o seu filho era servido diariamente aos Fluffernutters na sua escola pública primária de Cambridge, Massachusetts, criou uma emenda a uma lei sobre comida de plástico que visava limitar a dose de Fluffernutters nas escolas públicas de Massachusetts a uma vez por semana. A proposta foi criticada como um exemplo de legislação trivial e excessivamente intrusiva, enquanto os apoiantes de Barrios apontavam para preocupações com o problema da obesidade infantil. Entre as pessoas que defendiam a Fluffernutter na altura estava a Representante do Estado de Massachusetts Kathi-Anne Reinstein, cujo distrito em Revere era próximo de Lynn, onde é feita a Marshmallow Fluff. Ela afirmou que planeava “lutar até à morte pelo Fluff” e apoiou a legislação que faria do Fluffernutter a sanduíche oficial do estado. A medida falhou, e Reinstein tentou novamente, sem sucesso, em 2009. Os apoiantes do projecto de lei citaram a estreita associação do sanduíche com a infância e Massachusetts.