Marshmallow creme, jeden z dwóch głównych składników Fluffernutter, został wynaleziony na początku XX wieku. Archibald Query wymyślił kreację, którą nazwał Marshmallow Creme w Somerville, Massachusetts, w 1917 roku, podczas gdy Amory i Emma Curtis z Melrose, Massachusetts, wymyślili Snowflake Marshmallow Creme w 1913 roku. Podczas I wojny światowej Emma Curtis opublikowała przepis na kanapkę Liberty Sandwich, która składała się z masła orzechowego i kremu Snowflake Marshmallow Creme na chlebie owsianym lub jęczmiennym. Przepis ten został opublikowany w książeczce promocyjnej wysłanej do klientów Curtis w 1918 roku i może być źródłem kanapki Fluffernutter. Wcześniejsze etykiety i broszury wydawane przez Curtisów sugerowały łączenie Snow Flake Marshmallow Creme z masłem orzechowym lub spożywanie go na kanapkach z posiekanymi orzechami lub oliwkami.
W międzyczasie, niedobory cukru podczas I Wojny Światowej zaszkodziły sprzedaży Marshmallow Creme Archibalda Query’ego, więc Query sprzedał swój przepis w 1920 roku dwóm mężczyznom ze Swampscott w Massachusetts, H. Allenowi Durkee i Fredowi L. Mowerowi, którzy rozpoczęli dystrybucję produktu poprzez swoją firmę, Durkee-Mower Inc. Para zmieniła nazwę produktu na Toot Sweet Marshmallow Fluff, a Durkee-Mower nadal sprzedaje produkt pod nazwą Marshmallow Fluff. Kanapka zrobiona z masła orzechowego i kremu marshmallow była nadal spożywana, ale nie była nazywana Fluffernutter aż do 1960 roku, kiedy to firma reklamowa wynajęta przez Durkee-Mower stworzyła ten termin jako bardziej efektywny sposób sprzedaży kanapki. Fluffernutter jest zastrzeżonym znakiem towarowym firmy Durkee-Mower, chociaż amerykańskie rejestracje znaku towarowego firmy dla tego terminu obejmują tylko lody i drukowane przepisy. W 2006 r. Durkee-Mower pozwał Williams-Sonoma, Inc. w Sądzie Rejonowym Stanów Zjednoczonych dla Dystryktu Massachusetts, twierdząc, że Williams-Sonoma, Inc. naruszył jego znak towarowy sprzedając marshmallow i masło orzechowe cukierki pokryte czekoladą pod nazwą Fluffernutter.
W czerwcu 2006 r, Massachusetts State Senator Jarrett Barrios zyskał krajową uwagę, gdy zaproponował ustawodawstwo ograniczające serwowanie kanapek Fluffernutter w szkołach publicznych. Po Barrios dowiedział się, że jego syn był serwowany Fluffernutters na co dzień w jego Cambridge, Massachusetts, publicznej szkoły podstawowej, stworzył poprawkę do ustawy śmieciowego jedzenia, który miał na celu ograniczenie serwowania Fluffernutters w szkołach publicznych Massachusetts do jednego razu w tygodniu. Propozycja ta została skrytykowana jako przykład trywialnego i zbyt inwazyjnego ustawodawstwa, podczas gdy zwolennicy Barriosa wskazywali na obawy związane z problemem otyłości wśród dzieci. Wśród ludzi, którzy bronili Fluffernutter w tym czasie była Massachusetts State Representative Kathi-Anne Reinstein, której okręg w Revere był blisko Lynn, gdzie Marshmallow Fluff jest produkowany. Twierdziła ona, że planuje „walczyć na śmierć i życie o Fluff” i wspierała ustawodawstwo, które uczyniłoby Fluffernutter oficjalną kanapką stanową. Projekt nie powiódł się, a Reinstein próbowała ponownie bezskutecznie w 2009 roku. Zwolennicy ustawy powoływali się na bliskie skojarzenia kanapki z dzieciństwem i Massachusetts.