Marshmallowcrème, een van de twee hoofdingrediënten van een fluffernutter, werd aan het begin van de 20e eeuw uitgevonden. Archibald Query vond in 1917 in Somerville, Massachusetts, een creatie uit die hij Marshmallow Creme noemde, terwijl Amory en Emma Curtis in Melrose, Massachusetts, in 1913 Snowflake Marshmallow Creme uitvonden. Tijdens de Eerste Wereldoorlog publiceerde Emma Curtis een recept voor de Liberty Sandwich, die bestond uit pindakaas en Snowflake Marshmallow Creme op haver- of gerstebrood. Het recept werd gepubliceerd in een promotieboekje dat in 1918 naar de klanten van Curtis werd gestuurd en kan de oorsprong zijn van de Fluffernutter sandwich. Eerdere etiketten en boekjes gepubliceerd door de Curtis suggereerden om Snow Flake Marshmallow Creme te combineren met pindakaas of het te eten op sandwiches met gehakte noten of olijven.
Terwijl de suikertekorten tijdens de Eerste Wereldoorlog de verkoop van Archibald Query’s Marshmallow Creme schaadden, verkocht Query zijn recept in 1920 aan twee mannen uit Swampscott, Massachusetts, H. Allen Durkee en Fred L. Mower, die het product begonnen te distribueren via hun bedrijf, Durkee-Mower Inc. Het duo hernoemde het product Toot Sweet Marshmallow Fluff, en Durkee-Mower verkoopt het product nog steeds onder de naam Marshmallow Fluff. Het broodje met pindakaas en marshmallowcrème werd nog steeds gegeten, maar werd pas in 1960 Fluffernutter genoemd, toen een door Durkee-Mower ingehuurd reclamebureau de term bedacht als een effectievere manier om het broodje op de markt te brengen. Fluffernutter is een geregistreerd handelsmerk van Durkee-Mower, hoewel de handelsmerkregistraties van het bedrijf in de VS voor de term alleen betrekking hebben op ijs en gedrukte recepten. In 2006 klaagde Durkee-Mower Williams-Sonoma, Inc. aan in de United States District Court for the District of Massachusetts, omdat Williams-Sonoma, Inc. inbreuk zou hebben gemaakt op haar handelsmerk door een met marshmallow en pindakaas bedekt snoepje met chocolade te verkopen onder de naam Fluffernutter.
In juni 2006, kreeg senator Jarrett Barrios van de staat Massachusetts nationale aandacht toen hij een wetsvoorstel indiende om het serveren van broodjes fluffernutter op openbare scholen aan banden te leggen. Nadat Barrios had ontdekt dat zijn zoon dagelijks Fluffernutters kreeg voorgeschoteld op zijn openbare basisschool in Cambridge, Massachusetts, heeft hij een amendement ingediend op een wetsvoorstel over junkfood, met als doel het serveren van Fluffernutters op openbare scholen in Massachusetts te beperken tot één keer per week. Het voorstel werd bekritiseerd als een voorbeeld van triviale en te opdringerige wetgeving, terwijl Barrios’ voorstanders wezen op de bezorgdheid over het probleem van obesitas bij kinderen. Onder de mensen die de Fluffernutter destijds verdedigden was Massachusetts State Representative Kathi-Anne Reinstein, wiens district in Revere dicht bij Lynn ligt, waar de Marshmallow Fluff wordt gemaakt. Ze beweerde dat ze van plan was “zich dood te vechten voor de Fluff” en steunde wetgeving die de Fluffernutter het officiële staatsbroodje zou maken. De maatregel mislukte, en Reinstein probeerde het in 2009 nog eens zonder succes. Voorstanders van het wetsvoorstel haalden de nauwe band van het broodje met de kindertijd en Massachusetts aan.