La crema di marshmallow, uno dei due ingredienti principali di un Fluffernutter, fu inventata all’inizio del XX secolo. Archibald Query inventò una creazione che chiamò Marshmallow Creme a Somerville, Massachusetts, nel 1917, mentre Amory ed Emma Curtis di Melrose, Massachusetts, inventarono Snowflake Marshmallow Creme nel 1913. Durante la prima guerra mondiale, Emma Curtis pubblicò una ricetta per il Liberty Sandwich, che consisteva in burro di arachidi e Snowflake Marshmallow Creme su pane d’avena o d’orzo. La ricetta fu pubblicata in un opuscolo promozionale inviato ai clienti della Curtis nel 1918 e potrebbe essere l’origine del panino Fluffernutter. Etichette e opuscoli precedenti pubblicati dai Curtis suggerivano di combinare la Snow Flake Marshmallow Creme con il burro di arachidi o di mangiarla su panini con noci o olive tritate.
Nel frattempo, la carenza di zucchero durante la prima guerra mondiale danneggiò le vendite della crema di marshmallow di Archibald Query, così Query vendette la sua ricetta nel 1920 a due uomini di Swampscott, Massachusetts, H. Allen Durkee e Fred L. Mower, che iniziarono a distribuire il prodotto attraverso la loro società, Durkee-Mower Inc. La coppia rinominò il prodotto Toot Sweet Marshmallow Fluff, e Durkee-Mower continua a vendere il prodotto con il nome Marshmallow Fluff. Il panino fatto con burro di arachidi e crema di marshmallow ha continuato ad essere mangiato, ma non è stato chiamato un Fluffernutter fino al 1960, quando una ditta di pubblicità che Durkee-Mower ha assunto ha creato il termine come un modo più efficace per commercializzare il panino. Fluffernutter è un marchio registrato di Durkee-Mower, anche se le registrazioni di marchio dell’azienda negli Stati Uniti per il termine coprono solo il gelato e le ricette stampate. Nel 2006, Durkee-Mower ha fatto causa a Williams-Sonoma, Inc. nella Corte Distrettuale degli Stati Uniti per il Distretto del Massachusetts, sostenendo che Williams-Sonoma, Inc. ha violato il suo marchio vendendo una caramella ricoperta di marshmallow e burro di arachidi con il nome Fluffernutter.
Nel giugno 2006, Il senatore dello Stato del Massachusetts Jarrett Barrios ha guadagnato l’attenzione nazionale quando ha proposto una legislazione che limita la somministrazione di panini Fluffernutter nelle scuole pubbliche. Dopo che Barrios ha saputo che a suo figlio venivano serviti Fluffernutters ogni giorno nella sua scuola elementare pubblica di Cambridge, Massachusetts, ha creato un emendamento a una legge sul cibo spazzatura che mirava a limitare il servizio di Fluffernutters nelle scuole pubbliche del Massachusetts a una volta a settimana. La proposta è stata criticata come un esempio di legislazione banale ed eccessivamente invadente, mentre i sostenitori di Barrios hanno sottolineato le preoccupazioni per il problema dell’obesità infantile. Tra le persone che hanno difeso il Fluffernutter all’epoca c’era la rappresentante dello Stato del Massachusetts Kathi-Anne Reinstein, il cui distretto di Revere era vicino a Lynn, dove viene prodotto il Marshmallow Fluff. Affermò che aveva intenzione di “combattere fino alla morte per il Fluff” e sostenne la legislazione che avrebbe reso il Fluffernutter il panino ufficiale dello stato. La misura è fallita, e Reinstein ci ha riprovato senza successo nel 2009. I sostenitori della legge hanno citato la stretta associazione del panino con l’infanzia e il Massachusetts.